Эти слова исторически родственны, но сейчас в них выделяются разные корни: нож/ и ножниц/ы.
В современном русском языке это непроизводное слово. Исторически оно мотивировано древнерусским глаголом чувати (ср.: чуять).
Исторически -ен- и -я- в словах время, темя, племя и т. п. - часть корня.
В историческом корне слова презирать происходит чередование гласных и нуля звука: -зер-/-зир-/-зор-/-зр- (зеркальный, созерцать, взирать, надзирать, надзиратель, озирать(ся), презирать, взор, обзор, зоркий, зрение, обозрение, подозревать, презрение, прозрачный, невзрачный). Корень -зир- без ударения пишется перед суффиксом -а-.
С исторической точки зрения все эти слова действительно однокоренные. Они восходят к праславянскому *lǫс- , откуда глагол *lǫčiti, первонач., вероятно, "гнуть, связывать", в сложениях с приставками оtъ (см. отлучить), *оrz (разлучить) получил знач. "разделять".
Исторически это объясняется тем, что одна из двух Н принадлежит корню (как и в слове именной).
В слове погода выделяется корень погод-, но исторически по- – приставка. Слова с приставкой ку- нам неизвестны.
В слове предприниматель корень с чередованием, ср. с однокоренными предпринимать, предпринять. См. также здесь. Вопрос о том, какой корень в этом слове, в науке не решается однозначно. А. Н. Тихонов в «Морфемно-орфографическом словаре русского языка» выделяет корень предприним-. Исторический корень — -ним-.
В современном русском языке корень клюкв- (клюков-). Такой корень выделяет А. Н. Тихонов в «Морфемно-орфографическом словаре». Исторический корень, возможно, клюк-. Этимология слова пока однозначно не установлена. По одной из версий клюква – производное от той же основы, что и клюкать, ключ «родник».
