Слово допустим действительно выступает здесь в качестве вводного, и его действительно невозможно убрать из предложения без потери смысла. Что касается частицы ну, то она может использоваться в разговорной речи во множестве функций, что демонстрирует словарная статья слова ну. Возможно, с помощью этого начального ну автор изображает речевые колебания, свойственные разговорному общению, ведь, судя по всему, он пытается быть на одной волне с читателем. Утверждать, что в приведенном тексте допущена ошибка, было бы слишком категорично.
Названия этих книг Ветхого Завета пишутся с прописной буквы без кавычек: Бытие, Исход, Левит, Числа, Второзаконие. Что касается использования этих названий со словом книга, то здесь на практике довольно большой разнобой, общеупотребительных правил нет. Как правило, слово Книга в этом случае тоже пишется с прописной, кавычки не используются: в Книге Бытия, в Книге Чисел.
Правила написания названий других книг Священного Писания и богослужебных книг можно найти в справочнике «Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий».
Ударение на первом слоге в слове сту́пица было зафиксировано как допустимое уже в "Орфоэпическом словаре русского языка" под редакцией Р. И. Аванесова в 1983 году. Что касается упоминаемых Вами словарей М. А. Штудинера и М. В. Зарвы, то нужно учитывать, что это словари особого типа: они предназначены для работников СМИ и в них не приводятся варианты. В грядущем году должен выйти в свет новый "Большой акцентологический словарь современного русского языка".
Существительное современье (в значении "современность", "настоящее время") изредка употребляется в художественных и публицистических текстах, например: Да, Пушкин стар для современья, Но Пушкин Пушкински велик [К. И. Чуковский. Эгофутуристы (1922)]; Он почти каждый день бывает в книжной лавке писателей в Леонтьевском, познакомился с Бердяевым и считает Ходасевича «самым глубоким поэтом современья». [С. Ф. Буданцев. Японская дуэль (1926)].
Обстоятельство по своей горячности может быть обособлено для попутного пояснения или смыслового выделения — см. параграф 74 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Что касается второго предложения, то возможны варианты:
1. Он старался каким-нибудь образом, конечно же незаметно, дать знать Иешуа...
2. Он старался каким-нибудь образом — конечно же, незаметно — дать знать Иешуа...
3. Он старался каким-нибудь образом (конечно же, незаметно) дать знать Иешуа...
Следует руководствоваться общими правилами постановки знаков препинания в бессоюзном сложном предложении, например: Не решался: осторожничал (двоеточие показывает, что вторая часть обозначает причину первой). Что касается второго из приведенных предложений, то слово знаю в нем действительно можно понять и как вводное слово (Знаю, так нельзя), и как главный член односоставного определенно-личного предложения, которое является первой частью бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями (Знаю: так нельзя). В бессоюзном сложном предложении правилами допускается употребление тире вместо двоеточия.
Многое в написании названий исторических событий определяется традицией и временной удаленностью этих событий. Да и речь здесь даже не об исторических событиях: оттепель и перестройка – это просто обозначения разных периодов истории СССР. У слова оттепель, например, словари фиксируют общее значение 'о смягчении режима политического давления' и приводят пример горбачевская оттепель.
Что касается слова холокост, то мы уже неоднократно отвечали на Ваши вопросы об употреблении и написании этого слова (в том числе и о возможности его написания с прописной).
Орфографически правильно дефисное написание: Струги-Красные. Правило звучит так: пишутся через дефис названия, представляющие собой сочетание существительного с последующим прилагательным. Ср.: Петропавловск-Камчатский, Гусь-Хрустальный, Переславль-Залесский, Москва-Товарная (станция). Раздельное написание на дорожных указателях ошибочно.
Что касается написания прилагательного, то и оно пишется через дефис: струго-красненский (правило: пишутся через дефис прилагательные, образованные от пишущихся через дефис имен собственных, ср. санкт-петербургский от Санкт-Петербург, ленинск-кузнецкий от Ленинск-Кузнецкий). Обе части прилагательного пишутся с прописной, если оно начинает собой составное географическое или административно-территориальное название: Струго-Красненский район.
Действительно, Ё пишется в обеих частях названия: Хорошёво-Мнёвники.
По одной из версий, название села Хорошёва возникло от мужского имени Хорош, по другой – от слова хорошо. Принцип, по которому при историческом образовании географических названий и, например, фамилий фиксировался тот или иной вариант ударения, определить затруднительно.
Что касается выбора между О и Ё, то в русских названиях, как и фамилиях, на шипящий + -ов (-ёв) пишется О или Ё в соответствии с традицией и с регистрацией в официальных документах.