При обратном порядке главных членов предложения (сказуемое предшествует подлежащим, связанным сочинительным союзом и) обычно употребляется форма единственного числа сказуемого. Форма множественного числа подчеркивает множественность предметов.

Вызывает сомнение фактическая точность фразы. На каких исследованиях основано данное утверждение?

Запятая не нужна, т. к. у частей сложносочиненного предложения нас никто не обгонял и навстречу автомобилей не было есть общий элемент – поясняемое ими третье предложение шоссе было пустынно, предшествующее им и связанное с ними бессоюзной связью.

Не обособляется деепричастный оборот, тесно связанный по содержанию со сказуемым и образующий смысловой центр высказывания. На наш взгляд, в Вашем предложении запятая все же нужна, так как предложение содержит два смысловых центра – сказуемое и деепричастный оборот.

Да, слово «верхнеуровневый» пишется слитно.
Слово «верхнеуровневый» является прилагательным, образованным от сочетания «верхний уровень». В русском языке подобные сложные слова, образованные из двух самостоятельных слов, связанных подчинительными отношениями, пишутся слитно. 

Это предложение с однородными придаточными, поэтому запятая перед и не нужна.

В приведенных Вами фонетических словах, согласно орфоэпическим нормам русского литературного языка, должен, пусть и слабо, слышаться звук J при корректном произношении. Этот звук может полностью выпадать только перед гласным И: пят[ыи] сутки. Ослабленная артикуляция конечного J в слове может присутствовать в непринужденной разговорной речи.

Корректно: В частности, результаты могут быть использованы для решения задач оперативной океанологии (прогноза развития опасных гидродинамических процессов, экстремальных волнения и течения и предупреждения связанных с ними возможных аварийных ситуаций), экологических задач (регистрации и прогноза распространения аварийных разливов нефтепродуктов), для наблюдения и предупреждения опасной метеорологической обстановки на море (смерчей, грозовой облачности) и в других целях.

Подобные примеры не представлены в справочниках, но полагаем, что здесь можно действовать по аналогии со случаями употребления деепричастного оборота, однородного с необособленным обстоятельством, сравним примеры в примечании 6 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: …Вдруг завопила она раздирающим воплем  и залившись слезами (Дост.); Остановив Власову, он одним дыханием  и не ожидая ответов  закидал её трескучими и сухими словами (М.Г.). Таким образом, Вы корректно поставили знаки препинания в предложении.