Эти сложные синтаксические конструкции, встречающиеся в разговорной речи, интересны тем, что в них часть как зовут которого зависит и от глагола не знаю, образуя с ним изъяснительное придаточное с союзным словом как, и от существительного парень, образуя с ним определительное придаточное с союзным словом который. Пунктуация в таких конструкциях не кодифицирована, но, расставляя в них знаки препинания, можно найти опору в справочниках. Прокомментируем оба примера.

1. Мне понравился парень, которого не знаю, как зовут. Главная часть не знаю находится внутри придаточной части которого как зовут. В таких случаях запятая обычно ставится только после главной части (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, раздел 21, п. 2).

2. Мне понравился парень, как зовут которого – не знаю. Придаточная изъяснительная часть как зовут которого предшествует главной части не знаю. Для её интонационного отделения ставится тире (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 38.1).

Таким образом, предлагаемое Вами пунктуационное оформление конструкций представляется корректным. 

В этих примерах деепричастный оборот имеет значение образа действия, тесно связан по содержанию со сказуемым и образует смысловой центр высказывания. Подобные деепричастные обороты не обособляются (см. примечание 1 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): необходимо использовать не касаясь руками; ...позволяет пользоваться тряпкой не касаясь руками (важно не то, что тряпкой пользуются, а то, каким образом пользуются).

В словарях русского языка существительное корабль толкуется следующим образом: «крупное морское судно, а также военно-морское судно любого класса» (Словарь русского языка под ред. А. П.  Евгеньевой – МАС); «морское судно (первоначально парусное; сейчас преимущественно о военных судах, а также о многомачтовых парусных судах с прямыми парусами)» (Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой). Обратим внимание на формулировки: «а также военно-морское судно»; «преимущественно о военных судах». Но не «исключительно о военных судах». Это означает, что запрета на употребление слова корабль по отношению к гражданским судам нет. «Титаник», безусловно, можно назвать кораблем.

В качестве мнемонического приема - так объяснить можно. Но основное правило должно оставаться неизменным: проверочными являются лишь однокоренные слова (то есть имеющие общий корень с точки зрения современного языка, а не только с точки зрения истории слова). Поэтому слово медведь остается словарным.

Можно, хотя такая форма записи и неупотребительна.

Можно называть все иерархически подчиненные элементы перечня подпунктами, но при этом в каждом случае при ссылке на них нужно указывать точное название такого подпункта.

Предложения грамматически некорректны. 

См. «Письмовник».

Слово заведующая в документах употребляется, согласование по женскому роду в этом случае корректно.