И и Й – разные буквы (разница между ними даже больше, чем, например, между Е и Ё, из-за которых тоже нередко возникают юридические казусы). Буква И обозначает гласный звук [и], буква Й обозначает согласный звук [j]. Поэтому с юридической точки зрения (при чисто формальном подходе) Михаиловна и Михайловна – действительно, разные отчества. По нормам русского языка от имени Михаил образуется отчество Михайлович, Михайловна.

Мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются. Фамилия Заграй оканчивается на согласный j (обозначаемый буквой Й), поэтому обязательно должна склоняться. Женская фамилия Заграй не склоняется.

Корректно: И о чудо! Они стали меняться.... И - о чудо! - они стали меняться...

Первый звук – согласный [j].

Это звук, который обычно обозначается так: [иэ] (читается: и с призвуком э).

Долгий звонкий мягкий вариант звука [ж]: /ʑ:/, отдельной буквой не представимый (для соответствующего глухого звука существует буква Щ), произносится лишь в отдельных словах на месте сочетаний "жж", "зж", при этом только в соответствии со старшей нормой произношения: жужжать [жуж':áт'], вожжи [вóж':и], езжу [jéж':у], приезжать [пр'ийиж':áт'], до[ж’ж’]и (дожди), дро[ж’ж’]и (дрожжи), во[ж’ж’]и (вожжи), по[ж’ж’]е (позже), е[ж’ж’]у (езжу), «ви[ж’ж’]ять» (визжать), «дребе[ж’ж’]ять» (дребезжать), «бре[ж’ж’]ить» (брезжить). Также этот звук встречается в некоторых заимствованных словах: [ж’]юри, [ж’]юльен, [Ж’]юль Верн. Однако не все лингвисты признают его существование. 

Запятые не нужны: как инструкцию к действию = 'в качестве инструкции к действию'.

Нет, это не норма, но и не ошибка. Причина выбора таких написаний понятна: дефисное (полуслитное) написание служит в таких случаях своего рода орфографическим компромиссом (не слитное, но и не раздельное). Кстати, по правилам через дефис пишется философский термин не-я. 

В первых двух случаях кавычки и прописная буква не нужны. Слова король и королева используются в устоявшемся значении 'о том (той), кто является первым, самым лучшим среди других, кто достиг совершенства в чём-л.'. Третье сочетание условно, окказионально (единично), поэтому корректно в таком написании: звание «железной леди». 

Дело в том, что СИ — это не сокращение полного названия, а транскрипция аббревиатуры SI (Le Système international d’unité — Международная система единиц). Так что сочетание система СИ можно признать допустимым.