О фонетических причинах перехода ударения написано в нашем ответе, который Вы процитировали. Фонетические законы очень сильные, иногда они вступают в противоречие с нефонетической логикой. 

1. В справочниках не сформулировано правило о том, с какой буквы должна начинаться прямая речь, если она включается в текст как член предложения. Примеры приводятся разные, в частности: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича; Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание (примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Вопрос остается, видимо, на усмотрение автора текста. Добавим лишь, что если с помощью знака конца предложения (восклицательного, вопросительного знака, многоточия) передается интонация прямой речи, то естественно было бы начать ее с прописной буквы, чтобы представить как законченное предложение: Братья разворачиваются и уходят, и вслед им летит громогласное «Не смейте оставлять нас здесь!». Что касается двоеточия, то оно здесь совершенно точно не нужно.

2. Слово прощай может быть представлено и как нечленимое предложение, сказанное с определенной интонацией, и как слово, поэтому корректны разные варианты его оформления.

3. После тире ставится именно точка, потому что авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. См. подробнее ответ на вопрос № 325744.

Согласны с Вами. Слова "если не сказать" входят в состав присоединительного оборота, вторая запятая нужна.

В этом как раз проявляется интересное и сложное взаимодействие принципов русской пунктуации: ведущим принципом является грамматический, а интонационный действует как второстепенный и может нарушаться в пользу грамматического. Запятая в предложениях типа Он найдёт его, только если утонет ставится вопреки интонации.

Н. С. Валгина пишет: «Можно было бы отметить и множество других случаев, когда принципы интонационный и грамматический не совпадают и когда в итоге интонационный принцип уступает место грамматическому. Например, на стыке подчинительных союзов, при вводных словах, стоящих после союзов, при деепричастном обороте и придаточной части предложения, относящейся к причастию и т. д. Все они объединяются в две группы: а) знак стоит там, где нет паузы, и б) пауза есть там, где нет знака».

В предложениях типа Написала в личку, чтобы флуда не было запятую нужно поставить. Правила не дают нам оснований снять знак.

Фраза Читая эти фразы, написанные мной много лет назад, мне сейчас становится стыдно грамматически некорректна.

Спасибо за дополнение!

Тонкий прозрачный пакет для бумаги, имеющий отверстия для подшивания в папку, называется файлом (им. п. - файл), от англ. file — папка, скоросшиватель. Также правомерно использование слова папка-вкладыш.

Верно: Развяжите его, и пусть он идёт. В этом случае мы имеем дело со сложносочиненным предложением, первая часть которого представляет собой определенно-личное предложение с главным членом, выраженным глаголом в повелительном наклонении, а вторая — двусоставное побудительное предложение. Запятая ставится по общему правилу постановки знаков препинания в сложносочиненных предложениях.

Пункт правила, предписывающий не ставить запятую в сложносочиненных предложениях, если его части представляют собой побудительные предложения, требует либо общей побудительной частицы, либо совпадения субъектов действия (см. примеры в справочниках, иллюстрирующие такие случаи: Пусть светит солнце и птицы поют! Пусть кончится холод и наступит тепло! Да будет свято имя героя и память о нём сохранится в веках! — общие частицы; Подпустить врага и огонь дать по команде! — общий субъект действия).