Союз а также придаёт добавочный характер последнему члену ряда. Указанная Вами формулировка предполагает отнесение к служебной информации ограниченного распространения несекретной информации двух типов: 1) такой, которая касается деятельности организаций и ограничения на распространение которой диктуются служебной необходимостью; 2) такой, которая поступила в организации и доступ к которой ограничен в соответствии с федеральными законами.
Вы правы, запятая здесь не нужна. Обстоятельственные обороты, начинающиеся конструкцией «по + имя существительное в предложном падеже» и обозначающие действие, событие, после которого что-либо происходит (по завершении... по истечении... по окончании... по прошествии...), обычно не обособляются. Но запятые ставятся, если оборот носит характер уточнения, пояснения (часто при употреблении после слов «потом», «теперь» и др.), ср.: потом, по завершении измерений, ...
Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).
Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Сидеть и ничего не делать — инфинитивные определения (к существительному наклонности), которые приобретают характер вставной конструкции с уточняюще-разъяснительным значением. Они выделяются с двух сторон тире: Его всегда мои йоговские наклонности — сидеть и ничего не делать — утомляли. (См. параграф 60 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.)
Правильно раздельное написание: условно заменимые аминокислоты. В данном случае перед нами не слово, а словосочетание: заменимые (как?) условно.
Пишутся слитно прилагательные, образованные из основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер, напр.: железнодорожный (железная дорога), каменноугольный (каменный уголь), сельскохозяйственный. Пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия, напр.: выпукло-вогнутый, садово-огородный, научно-технический, общественно-политический,
В таких случаях всё зависит от общего контекста и связанного с ним авторского замысла. Обособление имени собственного придает ему характер попутного замечания. Так, в предложении Жена Михея, Дарья, жила с нашей матерью на квартире хозяина Михея обособление имени собственного Дарья показывает, что имя жены Михея совершенно неважно для общего понимания ситуации. То же и в других приведенных примерах.
Если говорить о пунктуации, возможны два варианта: Никаких кулаков в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было и Никаких кулаков, в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было. Второй вариант следует выбрать, если слова в том понимании, какое описывалось в литературе имеют характер попутного замечания, дополнительных сведений.
Но плохо: «понимание... описывалось в литературе». Попробуйте перестроить фразу.
В современном русском языке слова супруг и супруга носят официальный характер (ср. в официальной хронике: супруга главы государства...). В живом повседневном общении эти слова (если только они употреблены не с оттенком иронии) придают речи излишнюю манерность. Поэтому таких выражений, как мы с супругой (супругом), мой супруг, моя супруга, лучше избегать и говорить мы с мужем / женой, моя жена, мой муж.
Сочетание в том числе имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ, а потому его употребление рядом с предлогом включая будет стилистической ошибкой — плеоназмом. Если нет задачи передать чью-то речь буквально, со всеми погрешностями, то сочетание в том числе нужно убрать из предложения. Если редактирование предложения по каким-либо причинам невозможно, в том числе лучше обособить как присоединительный оборот, носящий характер попутного замечания.
