Да, существительным управляет дробная часть: двенадцать целых четыре десятых квадратного километра.
Грамматически предложение построено верно, однако вопрос вызывает использование слова выведены. Если учащиеся находились в каком-либо помещении, а затем их увели оттуда на психолого-медико-педагогическую комиссию, тогда предложение корректно. Если же в предложении заложен другой смысл, стоит заменить слово выведены синонимом (направлены, отправлены и др.).
Запятые нужны.
Лучше: проведено.
Оба варианта возможно. Если нужно подчеркнуть сам факт присутствия, то лучше использовать форму ед. ч. Если нужно подчеркнуть количество - то форму мн. ч.
Предлагаем воспользоваться нашей «Искать на Грамоте» (толково-словообразовательный словарь) и выбрать глагол в соответствии со значением.
Запятая стоит правильно.