Начнем со второго вопроса. Очевидно, что конструкция ненормативная, стилистически сниженная, т. е. встречающаяся в разговорной речи. В письменной речи она нежелательна из-за трудности ее восприятия. Читающий может подумать, что писавший просто не туда поставил запятую. Но если у пишущего есть задача передать стилистику разговорной речи (например, в речи персонажа), то представляется, что лучше в данном случае поставить вместо запятой тире.
Ответ "потому что" на вопрос, который содержит слова "почему?" или "с чего?", лингвисты оценивают как шутливое или насмешливо-неодобрительное передразнивание вопроса собеседника, форму отказа отвечать по существу. (См. словарь В. Т. Бондаренко «Ответные реплики в русской диалогической речи». Тула, 2013.). Иными словами, подобный ответ — нарушение речевого этикета, разновидность речевой агрессии, порождающей потенциально конфликтогенную ситуацию.
Представляется, что запятая перед и не нужна. Ее отсутствие подчеркнуло бы стремительность действий: быстро появилась туча и сразу пошел дождь. Первая часть (Но только мы подошли к лесу) вполне может быть осмыслена как общая для второй и третьей.
Другая интерпретация смысла (Но только мы подошли к лесу, вдруг набежала синяя тучка, и [через некоторое время, потом] из неё посыпался частый крупный дождь) кажется маловероятной.
Наречия с первой частью впол... (слушать вполуха, играть вполноги) следует отличать от пишущихся раздельно: а) сочетаний предлога в и сложного слова с первой частью пол... и второй частью – названием единицы измерения, б) сочетаний, передающих обычно значение большого размера, например: синяк в пол-уха, отёк в полглаза, румянец в полщеки, лысина в полголовы, очки в пол-лица, туча в полнеба.
Правильно: отмель в полреки (размер), пашня в полгектара (единица измерения), занавес в пол-окна (размер).
Обстоятельство потом здесь в принципе можно считать общим для обеих частей сложносочиненного предложения, сравним приведенный в параграфе 30.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя пример с хронологической последовательностью ситуаций: Вскоре после восхода набежала туча и брызнул короткий дождь (П.). Вместе с тем постановку запятой также едва ли можно считать ошибкой: между ситуациями компания ушла и бизнесмен убедился может быть усмотрена причинно-следственная связь, что отделяет их друг от друга.
В современном русском литературном языке глагол плавать употребляется в том числе и в значении 'перемещаться по поверхности воды или в воде с помощью специальных приспособлений, устройств, двигателя (о судне) (о движении повторяющемся или о движении в разных направлениях, туда и обратно)', однако в значении 'будучи членом экипажа какого-л. судна, находиться на нём во время плавания' нормативен глагол ходить (ходить боцманом на сухогрузе, ходить матросом на речном теплоходе).
В справочниках по правописанию традиционно говорилось о различном пунктуационном оформлении оборотов с предлогом кроме в зависимости от того, имеет ли он значение исключения или включения (раньше обороты с предлогом кроме со значением включения знаками препинания не выделялись). Авторы процитированного Вами справочника, видимо, обнаружили подобную тенденцию и у оборотов с предлогом помимо (близком по значению к кроме).
Однако в настоящее время, как указывает полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006), различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. По этой причине сейчас нет смысла рекомендовать отражать на письме и различия в значениях оборотов с предлогом помимо (включение или исключение). Но важно разграничить употребление помимо в этих значениях и в значении 'не принимая во внимание что-либо, вопреки чему-либо', что и сделано в нашем справочнике.
Не ставится запятая в цельных фразеологизированных сочетаниях с повторяющимися союзами и... и, ни... ни (они соединяют слова с противопоставляемыми значениями): и день и ночь, и стар и млад, и смех и горе, и там и сям, и то и се, и туда и сюда, ни два ни полтора, ни дать ни взять, ни сват ни брат, ни взад ни вперед, ни дна ни покрышки и т. д.
Сочетание и сложны, и просты, на наш взгляд, к фразеологизированным не относится.
В таких случаях обороты с помимо обычно обособляются. Однако если Вы не выделите запятыми оборот с помимо в обоих предложениях, это тоже не будет ошибкой. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
