Насколько нам удалось установить, речь идет о порте Пачи, который находится неподалеку от города Мегары. В таком случае корректен следующий вариант написания: порт Пачи (Мегара). Ср.: Афины (Греция), Афины (Алабама), Афины (Огайо) и т. п.
Выбор частицы зависит от смысла и строят предложения. Например, верно: Каким бы ни было утро, кофе всегда настроит меня на рабочий лад.
Корректно: Где? В нашем центре.
Варианты на счете и на счету равноправны, выбор за Вами.
В «Русском орфографическом словаре» РАН слово вади зафиксировано как несклоняемое существительное pluralia tantum (употребляющееся только в формах множественного числа). Правильно: Песчаный холм переходит в упомянутые вади, которые делят некрополь пополам.
Обороты с предлогом помимо (в значении «кроме»), выполняющие в предложении функцию дополнения, обычно выделяются знаками препинания: В конце концов мы порешили, помимо шампанского, абонировать для него кресло в театре, утроить жалованье, купить ему вороных, еженедельно отправлять его за город на тройках – все это в счет Общества. (А. Чехов, Единственное средство). Однако допускается и невыделение запятыми оборотов с предлогом помимо в значении «кроме»: Категория эта кажется нам ее собственным, а не нашим, состояньем. Помимо этого состоянья все на свете названо. (Б. Пастернак, Охранная грамота). Если же оборот с предлогом помимо выступает в функции обстоятельства образа действия, то запятые не ставятся: Презирая убогого маляра, я восхищался этим единственным портретом, словно родившимся помимо желания его творца. (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов).
Обороты с предлогом кроме выделяются знаками препинания факультативно. Как правило, оборот с предлогом кроме выделяется, если предлог можно заменить словами «исключая, не считая чего-либо»: Ничья судьба, кроме своей собственной, вас более не интересует. (М. Булгаков, Мастер и Маргарита). Запятые могут не ставиться, если предлог кроме имеет значение «дополнительно, вдобавок к чему-либо»: Достопримечательностью главной комнаты кроме рояля было громадное полотно в тяжелой позолоченной раме, написанное неизвестным художником… (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов). Однако практика письма показывает, что и при таком значении предлога постановка запятых возможна.
Таким образом, во всех случаях окончательное решение о постановке / непостановке запятых принимает автор текста.