В данном предложении запятая перед «из работ» не требуется.
Правильно: договор с ИП О. Н. Дымковцом.
Возможен такой вариант: На наше требование: «Стоять, ОБЭП!» – подельники не отреагировали, но когда один из товарищей крикнул им: «Стоять, ОБХСС!» – сразу бросили ношу.
Правильно: (приехать) из Москвы.
Слово персонаж в единственном числе склоняется как неодушевленное существительное (ввести комический персонаж). Во множественном числе закономерность такая: при употреблении в знач. «действующие лица» это слово ведет себя как неодушевленное существительное (т. е. винительный падеж совпадает с именительным: ввести новые персонажи), но в знач. «люди» персонаж употребляется как одушевленное существительное (т. е. винительный падеж совпадает с родительным: Чичиков напоминает реальных персонажей).
Прототип – неодушевленное существительное в знач. «первоначальный образец, прообраз чего-л.»: вижу прототип нового оружия. В знач. «лицо, послужившее автору оригиналом для создания литературного образа» прототип может употребляться как одушевленное существительное.
Верно: из бутыли (ударение на Ы). Если Вы имеете в виду просторечное, нелитературное употребление слова, то ударение обычно падает на Я.
Верно: ... - одна из лучших клиник.
Предпочтительно: напоминает колоритного персонажа.
Предпочтительно без предлога, но возможны также контексты, в которых предлог потребуется.