Если слова таким образом употреблены как вводные в значении 'следовательно', запятые нужны. Если же эти слова употреблены в прямом значении (то же, что 'таким способом'), обособление не требуется.
Обособление требуется. Запятая в сегменте о себе либо об Объекте не нужна.
Обособление здесь возможно, только если оборот с как содержит в себе оттенок причинного значения (страна сделала оговорку в отношении документа, потому что документ не отвечает ее национальным интересам). Если такого значения нет, запятую ставить не следует.
Обособление не требуется. Вместо "в связи с тем" лучше сказать "в связи с этим".
Сами по себе эти слова не требуют обособления. Но присоединительные обороты, начинающиеся союзом «к тому же», выделяются знаками препинания, обычно запятыми:
Меж тем регулировщица, став перед полуторкой, ругала Хижняка, несомненного виновника затора, к тому же не желавшего осаживать назад, за обочину, на арестную площадку, как она требовала. В. Богомолов, Момент истины.
Однако в некоторых художественных текстах встречается и обособление слов «к тому же»:
К тому же, каждый день шел снег, и каждое утро приходилось, прежде чем приступить к самой работе, порядочно поработать лопатой. М. Пришвин, Серая Сова.
Обособление необязательно.
Обособление факультативно.
Корректно: Школьники занимаются по особой, углубленной программе.
Здесь обособление не требуется, поскольку обстоятельственный оборот очень тесно связан по смыслу со сказуемым.