В обоих случаях содержание вопроса (вопросов) представлено в придаточном изъяснительном предложении, связанном с главной частью союзом-частицей ли. Такой вопрос называется косвенным и не требует вопросительных знаков в конце предложения. Косвенные вопросы могут быть связаны с главной частью не только союзом-частицей ли, но и союзным словом, сравним: Остаётся непонятным, как это случилось; Возникает вопрос, кто это сделал.

Отметим, однако, что примеры всё же несколько разные. Во втором из них вопрос всего один и придаточное зависит от сказуемого остается непонятным, так что допускается только один вариант оформления — тот, который приведен в ответе.

В первом же примере вопросы относительно самостоятельны и им предшествует обобщающее слово следующие (сравним вариант без этого слова и с более тесной связью между придаточными: ...возникают вопросы, допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда и не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда), поэтому, кроме приведенного в ответе варианта, возможно и оформление прямых (уже не косвенных) вопросов в виде нумерованного списка:

...возникают следующие вопросы:
1. Допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда?
2. Не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда?

Миллениум – тысячелетие; граница тысячелетия. Использовать это существительное вместе со словом лет нельзя.

Это корректный оборот.

Корректно без запятой.

Справочники по техническому оформлению текста рекомендуют отбивать знак процента от цифр «на полукегельную». Если технически это невозможно, то уместно ставить пробел.

Возможны варианты в зависимости от смысла: дорога через лес также опасна (= тоже опасна); дорога через лес так же опасна (как и другая дорога, о которой шла речь в тексте; на ней подстерегают точно такие же опасности).

Маркиз де Велада — это испанский дворянский титул, де Велада в нём не является фамилией, а обозначает отнесённость к территории под названием Велада. В этом сочетании действительно склоняется только слово маркиз: маркиза де Велада, маркизу де Велада и т. д. Если же де Велада становится фамилией, тогда её следует склонять: де Велады, де Веладе и т. д.

Существительные с односложной основой на -ий, -ия предпочтительно писать по правилу, зафиксированному в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, напр.: о Лие, об Ие, в «Вие». Однако окончание и в этих случаях ошибкой считать не стоит. В «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка отмечаются варианты написания.

Вы написали верно: тель-авивский дворик, Тель-Авивский университет. Аналогично пишется нью-йоркский.

Запятая в названной Вами конструкции не нужна - приложения не являются однородными.

Наречие опять-таки не требует постановки знаков препинания. Опять же обособляется как вводное при употреблении в начале предложения или части сложного предложения. В приведенном Вами предложении запятые не нужны.