В названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Если это официальное название музея, то корректно писать слово музей с большой буквы: Музей Московского вертолетного завода им. Миля.

Нет, имя Анатолие не склоняется.

Правильнее перевести имя Chloè на русский язык как «Хлоя».
 

Имя сказочного персонажа Мальчик с пальчик не обязательно писать с двумя дефисами. В академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, варианты Мальчик с пальчик и Мальчик-с-пальчик даны как равноправные.

Слово центральный, начинающее официальное составное наименование, следует писать с прописной буквы.

Форму ввода электронной почты, которой должен придерживаться пользователь, чтобы избежать ошибки, лучше выделить в тексте курсивом, но, если нет возможности шрифтового выделения, можно использовать кавычки. Двоеточие в любом случае не требуется: Ошибка возникает при вводе электронной почты кириллицей и не по форме «имя пользователя@доменное имя.код страны».

Женские личные имена Ия, Лия и грузинское мужское имя Гия могут склоняться двояким образом: выдана Ие и выдана Ии, Лие и Лии, Гие и Гии.

Вполне корректно: министр такая-то ушла в отставку. Если имя и фамилия не указываются, то возможно: министр ушел в отставку.

Написание Соловей Разбойник закреплено в тексте «Правил русской орфографии и пунктуации» 1956 г., но современной письменной практике оно не соответствует. Современные словари и справочники (например, орфографический академический ресурс «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН) фиксируют написание Соловей-разбойник. Это соответствует правилам: нарицательные существительные, сохраняющие свое значение (а Соловей-разбойник на самом деле разбойник), не входят в имя собственное и пишутся со строчной буквы. Ср.: Марфа-посадница, Маша-растеряша и др.