Правильно: Императорская Академия наук. В этом историческом названии Академия – с прописной.

Да.

Трудно представить себе такую ситуацию (разве что если выпускник был впоследствии лишен диплома).

Словосочетание отличительная особенность не содержит ошибки. Во-первых, у слова особенность есть значение «то, что придает своеобразие кому-либо, чему-либо». Во-вторых, это выражение настолько устойчиво, что многие словари (например, "Большой универсальный словарь русского языка") приводят его в числе наиболее типичных: Характерная (типичная, отличительная, главная, основная, единственная, важная, интересная, любопытная, индивидуальная, национальная, местная …) особенность. 

Нужно иметь в виду, что не всякий плеоназм является ошибкой.   

Какого — форма родительного падежа местоимения какой или какое, заменяющего полное прилагательное: Какого человека (слова) здесь не хватает? Каково — местоимение, заменяющее краткое прилагательное среднего рода: Каково расстояние между этими городами?; Она делится тем, каково это — быть директором. Кроме того, слово каково может быть наречием.

В этом предложении нужно обособить определительный оборот укрытый одеялом: он отделен от определяемого существительного мальчик другими членами предложения. Что касается сочетания с компрессом на шее, то, вообще говоря, оно может быть и обстоятельством образа действия, и несогласованным определением. В приведенном предложении его соседство с глаголом лежал говорит о том, что это обстоятельство (сравним: Мальчик с компрессом на шее пытался нам что-то сказать — здесь то же сочетание играет роль определения при существительном). Это обстоятельство не требует обособления, но может быть обособлено для попутного пояснения или смыслового выделения (см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Таким образом, в предложении возможно два варианта постановки знаков препинания:

• В кровати, укрытый одеялом, с компрессом на шее лежал мальчик.
• В кровати, укрытый одеялом, с компрессом на шее, лежал мальчик.

Слово первоисточник  употребляется во множественном числе, например: документальные первоисточники, знать из первоисточников. Перво- указывает на то, что какой-либо источник является первым, основным источником каких-либо сведений, знаний или основополагающим трудом в какой-либо области (такой труд может быть не единственным).