Верен второй вариант.
Корректно написание в кавычках и со строчной буквы.
Правильно: партия помидоров.
Существительных, вызывающих трудности в образовании формы родительного падежа мн. числа, довольно много, единого правила для всех подобных слов не существует. Но можно выявить такую закономерность. У существительных, обозначающих понятия, которые относятся к растительному миру (названия овощей, фруктов, плодов), литературной норме, как правило, соответствует окончание -ов: абрикосов, мандаринов, баклажанов, бананов, помидоров, томатов. Нулевое окончание у этих слов либо допустимо только в устной речи (взвесьте мне пару баклажан), либо недопустимо вовсе (невозможно: партия банан). И только у слова яблоко нормативно нулевое окончание: партия яблок (вариант яблоков – просторечие).
При именительном падеже собирательного числительного связь – управление. В косвенных падежах - согласование (двоих котят, двоим котятам).
Если между однородными подлежащими стоит присоединительный союз, то сказуемое согласуется с ближайшим подлежащим: На столе лежало яблоко, а также груша.
Да, названия ароматизаторов следует заключить в кавычки.
Яблоки сорта «антоновка».
См. в учебнике Е. И. Литневской.
