Такая постановка знаков препинания некорректна. Поясняющее приложение Федеральная пассажирская компания (ФПК) нужно выделить либо парными запятыми, либо парными тире.

Ваш вопрос не вполне понятен, но все же попробуем ответить. Словари, представленные на портале, включают разное количество слов и словарных статей. Так, в «Русском орфографическом словаре» статей больше, чем в других словарях, например в «Большом толковом словаре русского языка». Но, пользуясь словарями, нужно учитывать, что во многих из них не у каждого слова есть своя собственная словарная статья, некоторые слова (или сочетания слов) можно найти в текстах словарных статей других слов. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» слово учительница включено в статью учитель, а в «Русском орфографическом словаре» учительница и учитель — две самостоятельные статьи. При этом в «Русском орфографическом словаре» собственное имя часто входит в статью производного от него слова (Ломоносов — в статью ломоносовский, Новосибирск — новосибирский, Лиссабон — лиссабонский, Прудон — прудонизм и проч.), составное название, фразеологизм — в статью одного из входящих в него слов (лог, луна), в одной статье могут сопоставляться два слова, два произносительных варианта слова (эдем, ладаки и ладакхи). При обновлении портала количество словарных статей в словарях не изменилось, а вот словарей стало больше.

Столица Урала, янтарная столица — это образные описательные выражения. Они не стали неофициальными названиями, не фиксируются в таком качестве словарями, в текстах устойчиво пишутся со строчной буквы.

Возможно, осмыслению сочетания столица Урала как названия препятствует структура — «столица чего» (ср. столица России, столица Белоруссии, столица Кузбасса, столица Калининградской области). Слово столица воспринимается исключительно как родовое.

Сочетания прилагательного со словом столица похожи на типичные географические названия с родовым словом (Московская область, Белое море, Приморский край, Васильевский остров), что располагает к их использованию как названий. Сочетание Северная столица давно закрепилось в таком качестве и отмечено словарями, Уральская столица употребляется реже, но вполне корректно, например в названии статьи «В Уральской столице презентовали новую книгу об императоре Николае II» [Vesti.ru, 20.07.2016].

Сочетание янтарная столица, по данным Национального корпуса русского языка, менее употребительно, чем столица Урала или уральская (Уральская) столица, и обычно вводится в текст не как название, а как характеризующий оборот, например:

Это правда, что вы хотите переселить в Россию 15 тыс. специалистов-янтарщиков из Польши и Литвы и таким образом в перспективе сделать Калининград янтарной столицей мира? [Елизавета Маетная. «Янтарный комбинат превратился в бизнес: «выкопай и продай посреднику» // Известия, 29.05.2012];

Я был в Доминиканской республике трижды, и сам искал эти камни и находил, и конечно это удовольствие подарить такой камень, так как Калининград — это янтарная столица мира, и естественно, здесь должен быть такой камень тоже [Музей янтаря получил подарок с острова Гаити // Vesti.ru, 03.03.2009].

Интересно, что сочетание Янтарный край вполне может претендовать на фиксацию в качестве неофициального названия: оно стало устойчивым обозначением Калининградской области в современных текстах.

Прилагательное боевой давно стало многозначным. Различающиеся грамматические характеристики даются в словарях при описании прилагательного в его разных значениях.

Исследователи полагают, что, записывая количественное числительное цифрой с буквенным наращением, авторы стремятся помочь адресату в правильном прочтении падежной формы. Это небезосновательно: склонение количественных числительных в русском языке не имеет единого образца и представлено несколькими типами. Как показывают наблюдения, такие нерегламентированные способы записи числительных встречаются не только в современных, но и в более ранних текстах. «Бороться» с подобным нарушением графической нормы можно, пожалуй, только личным примером.

Слово темнота употребляется в форме множественного числа. Примеры встречаются весьма нечасто, но все-таки их можно найти в научных, публицистических и художественных текстах. В качестве иллюстрации приведем фрагмент из газетной статьи: «Москву-реку в этот вечер вдруг стало не узнать: серебристо-голубая, с фиалковыми темнотами там и сям, она бесовски смахивала на море» («Комсомольская правда», 27.06.2006).

Чтобы решить, нуждается ли сочетание в самом деле в обособлении, нужен более широкий контекст: оно является вводным, если с его помощью автор подтверждает что-либо, признает справедливость предшествующего высказывания. В значении 'в действительности' это сочетание не вводное.

Запятая не нужна.

Написание безсрочный, безсрочно с буквой з — старая норма русской орфографии, о которой можно прочитать в книге Я. К. Грота «Русское правописание» 1885 г. (с. 43). Но прошло уже более 100 лет с того времени, как правила написания приставок на з/с изменились, и стало правильно писать бессрочный, бессрочно. Убедиться в этом можно с помощью современных словарей и правил орфографии.

Нужен знак — запятая или тире — перед союзом и. Это сложносочиненное предложение.