В названиях организаций с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Если это официальное название музея, то корректно писать слово музей с большой буквы: Музей Московского вертолетного завода им. Миля.
Второй вариант лучше, поскольку он устраняет названную Вами неоднозначность фразы.
Применительно к уменьшению количества чего-либо, например воды, используется существительное убывание (см. словарную статью глагола убыть в «Большом толковом словаре» на нашем портале).
Орфографически верно: поселок Сахарного Завода, поселок имени Морозова.
Да, это вводное сочетание обособляется.
Правильно: коррекция нарушения навыков чтения и письма.
Лезгинский народный эпос — "Шарвили", имя главного героя эпоса — Шарвили.
Корректен второй вариант.
Правильно: открытому акционерному обществу «Племенной завод "Такой-то"».