У русских глаголов две основы — прошедшего и настоящего времени. По формальному соотношению этих двух основ глаголы подразделяются на словоизменительные классы. Например, глагол делать принадлежит к первому классу, в котором между основами наблюдается соотношение «нуль согласной — j»: дела-л — делаj-у. Глагол срать относится к пятому классу с соотношением между основами «гласная — нуль» (сра-л — ср-у), наряду с глаголами врать, рвать, ждать, ткать и некоторыми другими глаголами первого спряжения. Глагол спать — десятого класса, в котором между основами наблюдаются соотношения «и — нуль», «е — нуль», «а — нуль»: крути-л — круч-у, терпе-л — терпл-ю, пища-л — пищ-у, спа-л — спл-ю; все эти глаголы относятся ко второму спряжению, у многих из них в основе настоящего времени возникает чередование согласных. Словоизменительные классы глаголов описаны, в частности, в «Русской грамматике» 1980 г.

Корректно написание через тире: в эоцене -- голоцене, с эоценом -- голоценом.

Запятая не ставится.

Населенный пункт — сочетание из официально-деловой, канцелярской речи, из военных сводок. В таких контекстах названия обычно даются как раз в несклоняемой форме. Кроме того, на несклоняемость в приведенном Вами предложении влияет и несовпадение рода термина (пункт — м. р.) и географического названия (Угодье — ср. р., Раздоловка, Малиновка — ж. р.). Так что несклонение объяснимо и корректно.

Ваш вопрос касается традиций написания терминов, используемых в профессиональной речи. Сложившаяся практика полного и сокращенного написания терминов может свидетельствовать о том, что специалистам те или иные варианты записей представляются удобными и однозначными. В обсуждаемом случае важно и то, что каждый из трех терминов  предполагает особенный, отличающийся контекст, а значит, какая-либо путаница при употреблении сокращенных обозначений едва ли возможна.

Никаких отклонений от норм в этом предложении не наблюдается. Количество деепричастных оборотов нормой не регламентируется, оно ограничено только здравым смыслом: если перегрузить предложение, скажем, десятком деепричастных оборотов, оно будет плохо восприниматься или вообще не будет восприниматься. Но это относится не только к деепричастным оборотам.

Единственное, к чему можно (при очень большом желании) придраться, — это вид второго деепричастия. Сказуемое в предложении выражено глаголом несовершенного вида (обозначается длительный процесс), а оба деепричастия — совершенного вида. Первое из них воспринимается как обозначение действия, предшествовавшего основному (сначала затаил дыхание, затем наблюдает). Второе, поскольку оно тоже совершенного вида, также воспринимается как обозначение предшествовавшего действия: отметил и наблюдает. Но в таком случае не вполне логично то, что оно находится после основного сказуемого: должно бы тоже предшествовать. Позиция второго деепричастия объясняется тем, что ему подчинено изъяснительное придаточное, в котором заключен смысл, ради выражения которого в значительной мере написано и все предложение. Если переместить деепричастие вместе с придаточным в позицию слева от основного сказуемого, предложение станет читаться значительно хуже, а акцент на смысле придаточного пропадет. А оторвать придаточное от деепричастия не получится.

Раз второе деепричастие должно находиться все-таки справа от основного сказуемого. ближе к концу главной части, оно должно было бы обозначать действие, происходящее одновременно с основным; но в таком случае оно должно было бы иметь несовершенный вид (ср. с другим глаголом: ...наблюдал за серым зайчиком, удивляясь про себя тому, что даже зверек...). Однако удивляться можно продолжительное время, а отмечать про себя (что-то одно, и без значения повтора) — нет. В итоге автор предложения остановился на данном варианте — по-видимому, проигнорировав получившуюся шероховатость.

Интересно, что в академическом орфографическом словаре фиксация тоже менялась.

«Орфографический словарь русского языка» с 1-го издания (1956) до 29-го издания (1991) фиксировал дефисное написание: спуско-подъемный. 

Ставший его преемником «Русский орфографический словарь» РАН в 1-м издании (1999) зафиксировал слитное написание: спускоподъемный. Но уже с 2-го издания (2005) кодификаторы вернулись к дефисному написанию. И современная орфографическая норма по-прежнему спуско-подъемный.

В этом случае наблюдается обычное разделение однородных определений запятой: в густом, местами непроходимом кустарнике.