Коробкой принято называть небольшой ящик с крышкой.

Запятая после например не требуется: Не держите их рядом с собой, например в ящике рабочего стола или на полочке.

Вы хотите использовать эти слова применительно к мусорному контейнеру? В разговорной речи возможно: мусорка. О том, кто мусорит, - мусорник.

Оба варианта верны. Подробнее см. ответ на вопрос № 318421.

Оба слова существуют в русском языке, оба являются разговорными. У слова мусорка 2 значения: 1) машина для вывоза бытового мусора и пищевых отходов; 2) площадка для мусорных контейнеров во дворе; мусоросборник. У слова мусорница одно значение: то же, что мусоросборник. (См.: Большой академический словарь русского языка. Т. 10. М., СПб., 2008). Таким образом, мусоросборник в разговорной речи можно называть и мусоркой, и мусорницей, а машину – только мусоркой.

Правило, о котором Вы говорите, касается существительных со значением лица по роду занятий. Такие существительные, называющие лицо или предмет, производящий действие, образованы с помощью суффикса -чик/-щик и мотивированы они, как правило, глаголами: перевозить – перевозчик, переплетать – переплетчик, обходить – обходчик, обмануть – обманщик. В таких словах, действительно, суффикс -чик пишется только после согласных Д, Т, З, С, Ж; после других согласных пишется суффикс -щик.

Теперь о слове шкафчик. В нем выделяется суффикс -чик, имеющий совершенно другое значение (т. е. здесь перед нами суффиксы-омонимы). Существительные, образованные с помощью данного суффикса -чик, имеют уменьшительное значение и мотивированы они именами существительными: шкаф – шкафчик, сарай – сарайчик, рукав – рукавчик, тулуп – тулупчик, костюм – костюмчик, стакан – стаканчик, самовар – самоварчик, стул – стульчик. Суффикса -щик здесь быть вообще не может.

Что касается других слов из данного задания ЕГЭ, то ни в одном из них нет суффикса -чик. В словах огурчик и мячик  выделяется суффикс -ик, а в слове пончик -чик является частью корня.