Да, запятую надо поставить.
Дефис ставить не нужно, так как его нет в сочетании имен (см. подобные сокращения в «Большой российской энциклопедии»). Если Вы предполагаете, что читатель может неверно воспринять инициалы, то при первом упоминании имени напишите его полностью.
Правильно: НИИ материнства и детства.
Запятая после книг не нужна.
Не склоняются фамилии французского происхождения, оканчивающиеся на ударное -а. Остальные фамилии такого типа (в том числе славянские по происхождению) склоняются. Поэтому фамилии футболистов Дрогба и Малуда склонять не следует: гол Дрогба, карьера Малуда, а вот хорватскую фамилию Срна корректно склонять: выпустить Срну на замену.
Предпочтительно: не понял сути.
Между двумя разными фамилиями ставится тире: Медведев – Путин. Дефис пишется между частями одной фамилии: Римский-Корсаков.
Правильно: шаровАя молния.