Гласные и согласные – звуки. Буквы могут обозначать на письме гласные и согласные звуки речи. Терминологически верно говорить: эта буква обозначает гласный (согласный) звук.
Правильно: не выговаривает звука "р". Буква — знак письменной речи, а следовательно, буквы пишут, но не произносят.
Заударный гласный обозначается как редуцированный (обозначение через Ь корректно).
Запятая не нужна: оборот с союзом как играет роль сказуемого.
В слове ага на месте буквы Г произносится звук [г] длительный, образующийся так же, как [х], но с голосом (этот звук также называют фрикативный [г]).
1. Школьникам можно говорить о том, что слово синие заканчивается на звук и или на и с призвуком э (и склонное к э, близкое к э).
2. После разделительного мягкого знака буква и в ударной позиции обозначает два звука [jи] (в безударной – и неслоговой и и с призвуком э), хотя обычно в школе об этом не сообщается, т. к. после гласных перед и звук [j] чаще всего не произносится и букву и не называют йотированной.
В подобных случаях возможны разные способы оформления. Выбор зависит от типа издания. В научной и учебной литературе более употребительны такие приемы: звук [а], буква е, слово дом. В публицистическом тексте возможно выделение кавычками.
Буква ю используется в русском письме в двух функциях: для обозначения гласного звука у с одновременным указанием на мягкость предшествующего парного согласного (люблю) и для передачи сочетания согласного звука j с последующим гласным у (юбка).
Правильно: период.