Вы верно расставили знаки препинания.

В толковых словарях русского языка определение термина жаргон сформулировано следующим образом: речь какой-л. социальной или профессиональной группы, содержащая большое количество свойственных только этой группе слов и выражений (часто искусственных, тайных или условных).

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

В разговорной речи вопросительное слово зачем используется в предложениях с отрицанием; ср. зачем не отдали ребенка в детский сад? зачем не заботишься о здоровье? 

Если речь идет о запятой после знаю, то она ставится по правилам пунктуации в сложноподчиненном предложении. Слова зачем и кому являются союзными словами, которые присоединяют придаточную изъяснительную часть. Если речь идет о непоставленной запятой перед союзом и, то она действительно не ставится между однородными союзными словами.

В последнем по времени издания печатном "Русском орфографическом словаре" – слитное написание. Нужно писать слитно.

Возможное написание: Ковчег Завета.

Да, можно.

Двоеточие не требуется: Между тем к «Уралу» присоединились молодые воспитанники клуба Иван Мельник и Семен Помогаев, выступавшие в минувшем сезоне на правах аренды за «Динамо».