Сочетание высокая репутация не ошибочно. Оно зафиксировано, например, в «Словаре эпитетов русского литературного языка» К. С. Горбачевича,  встречается в художественной литературе. Ср.: Высокая репутация знаменитого ученого, погруженного в какие-то исследования над мухами и птичками, помогала и самому Зубру, и кое-кому из его окружения. Д. Гранин, Зубр.

С запятой и без нее предложение будет иметь разный смысл: 1) Как государственный деятель и реформатор, он получил высокую оценку = «получил высокую оценку, поскольку был государственным деятелем и реформатором»; 2) Как государственный деятель и реформатор он получил высокую оценку = «​​​​​​​получил высокую оценку в качестве государственного деятеля и реформатора» (а в другом качестве — не получил).

Поставленная Вами запятая нужна.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

После финиша далеко не каждый, даже подающий надежды любитель сможет выжить в жестком мире профессионального спорта.
Я думаю, что наши девчонки проявят себя в любой области профессиональной деятельности, какую бы они ни выбрали в будущем, потому что они обладают высоким потенциалом.
Как тренер, я считаю, что спортом должны заниматься все дети без исключения

Предложение построено верно. Слова не только могут использоваться отдельно, не в составе союза.