В чем - союзное слово и часть сказуемого; в чем дело - сказуемое.
Современная норма: по окончании. В XIX веке форма подобных оборотов была неустойчива. Ср. данные «Словаря языка Пушкина»: по окончанию (по окончании): По окончанию трудов, Петр вынул карманную книжку, дабы справиться, всё ли им предполагаемое на сей день исполнено. АП 11.38. По окончанию трагедии она была вызвана криками исступления Ж2 11.20. По окончании же войны Суворов получил повеление немедленно ехать в Москву ИП 76.8.
И пишут, и произносят. Дело в том, что произнесение предлога с перед сочетанием некоторых согласных затруднено. Поэтому перед сочетанием вт используется вариант предлога -со.
Запятая нужна. Сочетание по данным (чего) указывает на источник информации и является вводным.
Слова тем не менее обычно выполняют функцию союза и не обособляются, хотя иногда их выделяют как вводные при соответствующей интонации.
