Этот пример (предложение из романа «Обломов») представлен в пособиях по правописанию Д. Э. Розенталя, и там же автор объясняет, что одиночное деепричастие не обособляется, если утрачивает значение глагольности и «приближается по значению к наречию или к сочетанию существительного с предлогом, употребленному в обстоятельственном значении». При этом факторами, способствующими необособлению деепричастия, являются несовершенный вид деепричастия и его положение в конце предложения. Следует, впрочем, отметить, что Розенталь творчески подошел к тексту И. А. Гончарова: в авторитетных изданиях романа «Обломов» запятая перед увядая стоит.
Запятые лучше поставить. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Да, нужны: Такие болезни, как чёрная ножка и кольцевая гниль, приводят к потере 15—30 % урожая.
В подобных контекстах сочетание в конце концов вводное. Обратите внимание, что в первом предложении после подлежащего, выраженного личным местоимением, тире не требуется.
Уточните, пожалуйста, по поводу чего именно возникли разногласия.
Возможны варианты:
Она не могла ни знать, ни догадаться о моих чувствах (= у нее не было возможности знать, не было возможности догадаться).
Она не могла не знать, не догадаться о моих чувствах (= она знала, догадалась).
Запятая перед и нужна.
Запятая не нужна.
Слово элемент здесь не вполне подходит, его лучше заменить.
Второе тире не нужно, в остальном пунктуация верна.