Нейтральный порядок слов именно таков: хлорид калия, глюконат кальция и т. п. В конструкциях, подобных приведенным Вами, он тем более удобен, что при двух родительных падежах подряд (использование хлорида калиция) на первом месте стоит главное слово сочетания. Думается, что иной порядок (кальция хлорид, кальция глюконат, кальция фторид и т. п.) удобен лишь в номенклатурах. 

Правильно: 

1) Все это было в нем, но кроме этого было еще и другое — природное очарование умного, непохожего на других людей человека. 2) Читали ему стихи, он слушал внимательно, что бы ему ни читали, и запоминал на всю жизнь. 

См. правила современной русской орфографии. 

1. Корректно: на субъектов (родительный падеж). 2. Корректно: Отечественная культура перестала быть образцом. На основе интуиции или озарения. См. здесь. 

Верно без запятой: Эта книга (последнее им написанное) произвела на всех сильное впечатление. Определение последнее относится к сочетанию второго определения им написанное с подразумеваемым существительным произведение. Сравним примеры из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: чёрные появившиеся на скатерти пятна; заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал. Так же и последнее им написанное произведение.

Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.

Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.

Предложения 1) Хочется Шухову спросить бригадира; 2) боязно [Шухову] перебивать его высокую думу являются безличными. В первом главный член хочется спросить реализует модель составного глагольного сказуемого с модальной связкой (модальная связка выражает, помимо обязательного грамматического значения сказуемого, отношение субъекта к действию, обозначенному инфинитивом). Во втором главный член боязно + нулевая формальная связка + спросить реализует модель усложненного составного глагольного сказуемого (или: сложного трехчленного сказуемого). В нем боязно играет роль модального компонента (не связки, потому что не выражает грамматического значения сказуемого — именно из-за этого и появляется формальная связка, которая является нулевой в настоящем времени и ненулевой во всех остальных случаях, ср. боязно было спросить), а инфинитив — смысловой компонент сказуемого.

Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.

Знак нужно поставить (либо запятую, либо тире). На наш взгляд, предпочтительно здесь тире.