Слово БОМЖ может быть написано прописными буквами (как аббревиатура), однако данный вариант является канцелярским (употребимым в официально-деловой речи), причем в этом случае БОМЖ – неизменяемое слово.

В значении 'лицо без определенного места жительства, бродяга' слово бомж пишется строчными буквами и склоняется. Правильны оба варианта: бомжи  и бомжи.

В этом сочетании избыточности нет. См. толкование слова в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. Г. Н. Скляревская в словаре «Лексика современного русского православия»  (СПб, 2016) пишет об ангелах так: 

«Третий чин третьего лика Небесной иерархии; духовные (бесплотные) существа, наделенные волей и разумом, вестники Бога, через которых Бог возвещает людям Свою волю. 

Ангелы были сотворены прежде человека и славословили Бога еще при сотворении видимого мира. Помимо Божиих Ангелов, существуют злые, отпавшие от Бога (в русской православной традиции написание «аггел»). См. также Аггел. Небесная иерархия. Падшие ангелы».

Вы правы в том, что слово амур / Амур может быть написано в зависимости от значения и с прописной, и со строчной буквы. Но основания всё же другие. Не существует вида мифологических существ амуры: в отличие от многочисленных сатиров и нимф, Амур был один – это собственное имя, имя бога любви. Правильно поэтому: изображения Амура в живописи (ср.: изображения Пушкина в живописи).

Но слово амур пишется строчными в значении 'скульптурное или живописное изображение бога любви': парк украшают многочисленные амуры (= скульптуры, изображающие Амура), на открытке красуются два амура (= два изображения бога Амура). Иными словами, значение нарицательного существительного – не 'мифологические существа', а 'изображения'.

Вы правы, здесь пишется частица не. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает на необходимость различения в придаточных предложениях сочетания кто бы ни, где бы ни и т. п., в составе которых имеется частица ни, примыкающая к относительному слову, и сочетания кто бы не, где бы не и т. п., в составе которых имеется частица не, относящаяся к сказуемому. Здесь отрицание относится к сказуемому (нет такого клочка суши, где бы не были обнаружены...). Ср.: Где бы я ни был, ты помни о друге...

Определительные местоимения (в том числе весь, всякий, каждый) не отделяются запятой от следующего за ними причастного оборота, тесно примыкая к нему. Источник: "Справочник по правописанию, произношению, литературному редактированию", Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П., параграф "Обособленные согласованные и несогласованные определения".

Здесь корректно написание с большой буквы. См. ответ на вопрос № 248385.

Никаких достоверных свидетельств того, что слово нос в древности имело значение ‘бирка с зарубками’, не существует. Такое употребление не известно ни в древнерусских и старорусских текстах, ни в диалектах. Указанная в вопросе версия о происхождении фразеологизма, скорее всего, ошибочна, хотя и растиражирована. Слово нос в данном выражении, видимо, следует понимать в его первом, анатомическом значении (см. Мокиенко В. М. Зарубить на носу // Русская речь. 1983. № 6. С. 91–96). Если всё же предполагать, что слово нос ‘бирка, дощечка’ существовало, в таком случае его следует сближать с глаголом носить и в акцентологическом отношении сопоставлять со словом воз (носить — нос, возить — воз). Ударение в формах слова воз может служить ориентиром: возы́, возо́в, воза́м, воза́ми, воза́х.

Если имеется в виду вода, которой дали отстояться, верно: отстоянная вода.

Да, с лингвистической точки зрения вода - это вещество. А слово вода - вещественное существительное.

Знаки препинания перед как не требуются (поскольку как вода — это сказуемое): Время как вода: течет быстро.