В орфографии и школьной традиции в слове предлагать выделяется корень с чередованием -лаг- (ср. предложить), соответственно пред- рассматривается как приставка (см., например, здесь). Безусловно, такое членение на современном этапе развития русского языка можно поставить под сомнение, есть основания выделять корень предлаг-. Составители пособия следуют за школьной традицией.
С проблемами морфемного членения мы сталкиваемся и при разборе слова воплотить. Связь с родственным словом плоть не является очевидной. Однако если иметь в виду, что плоть понимается не только как 'тело живых существ', но и как 'материальное воплощение, проявление в вещественных образах, формах' (см. словарное толкование), то становится понятно, что в слове воплотить выделяется корень -плот-.
Слово богорадничать не зафиксировано в толковых и этимологических словарях русского языка.
Синонимический ряд богорадить, богарадствовать (тамб.), богоугодствовать, богарадничать, проживать Христа ради включен В. И. Далем в «Толковый словарь живого великорусского языка». Региональная диалектная помета (тамб.) есть только у слова богарадствовать, поэтому мы не располагаем сведениями о региональной принадлежности этих слов. Отсутствие лексикографической системности и последовательности при сборе и подаче материала является отличительной чертой словаря Даля, созданного языковедом-любителем.
Поэтому предложить полностью корректное описание способа образования слова богарадничать не представляется возможным. Можно предположить, что это слово, если оно действительно употреблялось в каких-либо регионах, образовано на основе сращения в сочетании с суффиксацией, ср.: христарад-нича-ть.
Исторически в словах прекратить, прекращать выделяется приставка пре- и корень с чередованием полногласного (исконно русского) сочетания оро и неполногласного (старославянского) сочетания ра. В таких корнях написание определяется проверкой (кра́ткий) или указанием на однокоренное слово с полногласием (короткий). Подробнее об этом см. на ресурсе «Орфографическое комментирование русского словаря».
Но при разборе слова по составу не с исторической точки зрения, а с точки зрения современного русского языка нужно выделить в глаголах прекратить, прекращать корень прекрат-, прекращ-. В современном языке живые словообразовательные связи между прекратить и краткий потеряны, значение слова прекратить сейчас нельзя объяснить через значения этого корня и приставки пре-.
Обстоятельство в Москве само по себе достаточно конкретно, а потому не нуждается в уточнении, следовательно обстоятельства на Красной площади и на улице Мира не требуют обязательного обособления. В то же время подобные обстоятельства можно счесть уточняющими и прочитать предложения с соответствующей интонацией. Таким образом, в этих случаях постановка запятых факультативна и зависит от того, что́ автор хочет акцентировать. Сравним подобные примеры, допускающие двоякое прочтение, в учебном пособии А. Ф. Прияткиной «Русский язык: Синтаксис осложненного предложения» (М., 1990): Это случилось в одной гористой местности (,) на юге Италии; На берегах этих рек (,) в глубоких норах (,) живут водяные крысы (с. 75).
Можно обосновать оба подхода к разбору слова очередь по составу. Выделяя корень очередь (как это сделано, например, в «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова), мы исходим из того, что в современном русском языке нет живых словообразовательных связей между словами очередь и черед. Выделяя корень черед и приставку о, показываем, что родство этих слов чувствуется современными носителями русского языка, что ученику можно объяснить значение одного слова через значение другого слова. Так что, на наш взгляд, ошибки не будет ни в том, ни в другом случае – главное, чтобы ребенок понимал мотивацию выбранного способа разбора слова по составу, а не просто механически выделял корень, пытаясь угадать правильный ответ.
В приведенных Вами вопросах речь идет о похожих, но все же разных ситуациях.
1. Предложения со схемой А: «П?», где прямая речь — вопросительное предложение. Приведем примеры.
Смотрю вслед ему и думаю:«Зачем живут такие люди?»
Только один раз мы встречаемся с Лукьян Лукьянычем (я ещё его не знал тогда), он и говорит: «За кем вы здесь волочитесь?»
2. Предложение имеет ту же схему А: «П?», но прямая речь, представляющая собой вопросительное предложение, содержит название, заканчивающееся вопросительным знаком.
Он меня спросил: «Ты читал роман "Что делать?"»
Если бы название было включено в прямую речь — повествовательное предложение, то точка бы стояла.
Он сказал мне: «Я не читал роман "Что делать?"».
Действительно, от глагола затаить деепричастие образуется с помощью суффикса -ив. Литературная норма: затаив дыхание. Однако в поэтической речи очень часто эта норма нарушается, есть многочисленные примеры употребления в поэтических произведениях формы затая, например: Здесь живут мои друзья, // И, дыханье затая, // В ночные окна вглядываюсь я (М. Матусовский, Московские окна); Семьдесят вторая! Жду, дыханье затая! // Быть не может, повторите, я уверен - дома! // А, вот уже ответили... Ну, здравствуй, - это я! (В. Высоцкий, Ноль семь). Так что однозначно ответить на вопрос, правильна ли форма затая, нельзя. С точки зрения строгой литературной нормы – неправильная. Однако в языке эта форма есть и ее употребление иногда оправданно.
Пунктуационное оформление корректно.