Это выражение не соответствует литературной норме. Наказать означает 'подвергнуть наказанию', а наказание – 'мера воздействия, применяемая к кому-либо за какую-либо вину, проступок, преступление'. Наказать можно провинившегося, но саму вину наказать нельзя.

Это сочетание может быть вводным, если оно указывает на источник информации и не входит в структуру членов предложения.

Смысловым центром является часть слова театр-...

К сожалению, Вы ошибаетесь. Сочетания родовых и видовых наименований в русском языке очень частотны: город Москва, месяц июнь, сеть Интернет, животное корова и т. д. Выражение июнь месяц неграмотным не является. Более того, это и подобные выражения получают фиксацию в словарях русского языка: http://gramota.ru/slovari/dic/?word=*%EC%E5%F1%FF%F6&all=x

Также должны заметить, что Песнь царя Соломона принято именовать именно так: Песнь песней.

Возможно (если название комплекса не является топонимом, т. е. географическим названием): горнолыжный комплекс "Бобровый лог".

Это предикатив или вариант предлога НАД (надо мной летит самолет).

Трудности с определением родовой принадлежности возникают у нас только в том случае, если существительное несклоняемое. Не вызывает сомнения принадлежность слова Алтай к мужскому роду: это название склоняется как обычное имя существительное второго (по школьной грамматике) склонения типа чай, сарай и т. п., поэтому мы сразу определяем его как слово мужского рода (род существительного, являющегося родовым понятием, – республика – не имеет в данном случае никакого значения, ср.: Москва – существительное женского рода, хотя город – существительное мужского рода).

А вот в том случае, когда географическое название – несклоняемое существительное, его род (в большинстве случаев) определяется по грамматическому роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. Коми, действительно, существительное женского рода (определяем по слову республика), правильно: Золотая Коми. Ср.: Капри – мужской род (остров),  Дели – мужской род (город), но: Миссури – женский род (река).

Сейчас словари допускают возможность написания аббревиатуры ЗАГС и строчными буквами, и прописными. Ни тот, ни другой вариант не является ошибочным.

Не нужна, конечно. Запятая нужна в начале всего придаточного предложения: ..., основными задачами которой...

Скорее всего, дело именно в "красоте": два тире в этом предложении смотрелись бы хуже, тем более что поставлены они были бы по разным причинам. В действительности "правильных", возможных вариантов пунктуации в этом предложении - масса.