Наречие фактически не требует постановки знаков препинания. Поскольку в предложении оно находится между однородными подлежащими Миша и Вова с одной стороны и сказуемым братья с другой, тире в предложении не ставится (см. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Миша и Вова фактически братья, так как с раннего детства росли вместе. 

В этих случаях постановка запятых факультативна и зависит от того, что́ автор хочет акцентировать. Сравним подобные примеры, допускающие двоякое прочтение, в учебном пособии А. Ф. Прияткиной «Русский язык: Синтаксис осложненного предложения» (М., 1990): Это случилось в одной гористой местности (,) на юге Италии; На берегах этих рек (,) в глубоких норах (,) живут водяные крысы (с. 75).

См. также ответ на вопрос 318421.

Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом. В пункте 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится, что в таких конструкциях ставится запятая, «однако при отсутствии интонационного отделения» она не ставится: Укажите данные как в паспорте. Если восстановить соотносительное слово, запятая обязательна: Укажите данные именно так, как [они указаны] в паспорте. Для постановки тире нет оснований.

Оборот со словами несмотря на может не обособляться только в случае, если он стоит непосредственно после глагола (см. параграф 75 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), сравним: Он это сделал несмотря на запрет врачей; Несмотря на запрет врачей, он это сделал; И, несмотря на запрет врачей, он это сделал. В приведенном предложении оборот следует обособить.

Цитируем:

Статья 11. Документарная проверка

1. Предметом документарной проверки являются сведения, содержащиеся в документах юридического лица, индивидуального предпринимателя, устанавливающих их организационно-правовую форму, права и обязанности, документы, используемые при осуществлении их деятельности и связанные с исполнением ими обязательных требований и требований, установленных муниципальными правовыми актами, исполнением предписаний и постановлений органов государственного контроля (надзора), органов муниципального контроля.

(Федеральный закон Российской Федерации от 26 декабря 2008 г. N 294-ФЗ)

Если подлежащее выражено указательным местоимением это, тире между ним и именным сказуемым не ставится: Ну, для меня это обычное явление. Исключение составляют случаи, когда контекст диктует интонационное подчеркивание и подлежащего, и сказуемого, например: Ну, для меня это — обычное явление, а всё другое — необычное. См. пункт 1 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Ваше предположение верно: по имени Валя — приложение. Такие приложения, согласно параграфу 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), обособляются, но могут и, согласно примечанию 1 к этому параграфу, «не обособляться, если они имеют основное, выделительное значение, т. е. не являются уточнением или пояснением впереди стоящего определяемого слова: Завел он себе медвежонка по имени Яша».

Это восходящее к старославянской конструкции «двойного дательного»  (ср. ст.-сл. чаѭще ему живу быти ‘они надеялись, что он был живым’)  употребление прилагательных и причастий в предикативной функции с инфинитивом (обычно быть): быть ему (1-й дат.) убиту (2-й дат.); ср. Это не помешало мне  быть задержану после (Пушкин). С 15 в. в литер. яз. постепенно вытеснялось творительным, но сохранялось до сер. 19 в.

Очень интересный вопрос. Это выражение новое и словарной кодификации не имеет. Очевидно, что оно образовалось по модели долгоживущий. Наличие определения самый дает основание сделать вывод о том, что долгоправящий стало словом, а значит, в таком контексте требует слитного написания. Ср.: Период полураспада самого долгоживущего изотопа плутония ― примерно 75 миллионов лет, а единственного пока изотопа курчатовия ― всего три десятых секунды! (Из журн. «Химия и жизнь» 1968 г.)

В параграфе 45.8 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в подобных предложениях слова знаешь (знаете) и видишь (видите) употребляются «близко к частице». Сравним приводимые там примеры: А нам за это знаешь что будет?; Там знаешь какое положение?; А бабка Варвара видишь что делает? и т. п. Грамматическая основа в предложении указана Вами верно (подлежащее — обычай, сказуемое — какой).