В слове готовлю действительно корень готовл-. Объяснить это можно так: суффикс -л- практически всегда образует формы прошедшего времени глагола (готовил, ходил, стоял), а готовлю — форма настоящего времени. Исторические чередования бл, вл, мл, пл, фл появились в русском языке в результате сочетаний губных согласных б, в, м, п, ф со звуком j: любить — люблю, ловить — ловлю, ломить — ломлю, лепить — леплю, графить — графлю. 

Вопрос непростой. Если подходить к ответу исключительно формально, то следует рекомендовать не ставить тире, поскольку между подлежащим пословица и сказуемым-существительным помощница стоит дополнение всем делам. Вместе с тем этот случай отличается от иллюстрирующего правило примера Мой отец для меня друг и наставник (см. пункт 6 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). В примере из справочника дополнение для меня стоит действительно между подлежащим и сказуемым, оно не связано тесно ни с тем, ни с другим; по сути это субъектный детерминант, обычная позиция которого — начало предложения, сравним: Для меня мой отец — друг и наставник. В приведенном Вами примере такое перемещение дополнения всем делам невозможно, поскольку оно связано только со сказуемым помощница, образуя с ним словосочетание. Если учесть этот факт, поставить тире вполне уместно: Пословица — всем делам помощница.

Действительно, второй вариант является наиболее употребительным в документации. Кавычки уместны и когда шифр отсутствует: направление подготовки "Ветеринарно-санитарная экспертиза".

Скорее, это вопрос к авторам документа. Во избежание двузначности можно использоать пояснение, например: ...самоустанавливающиеся (все грузоподъемностью...)

Правилами разрешается не ставить запятую в подобных случаях. Сравним формулировку в параграфе 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

«При двукратном повторении союза и (если число однородных членов – два) запятая ставится при наличии обобщающего слова при однородных членах предложения: Всё напоминало об осени: и желтые листья, и туманы по утрам; то же без обобщающего слова, но при наличии зависимых слов при однородных членах: Теперь уж можно было расслышать в отдельности и шум дождя, и шум воды (Булг.). Однако при отсутствии указанных условий при однородных членах предложения, образующих тесное смысловое единство, запятая может не ставиться: Кругом было и светло и зелено (Т.); И днем и ночью кот ученый все ходит по цепи кругом (П.)».

При анализе морфемной структуры слов в современном русском языке слова сторона и пространство считаются однокоренными, в последнем выделяется приставка про- (см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

При синхроническом словообразовательном анализе слова сторона и пространство описываются как непроизводные, каждое из них является вершиной своего собственного словообразовательного гнезда (см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова). Это связано с тем, что словообразовательный анализ современного языка ставит целью описать отношения производности на основе живых семантических связей между словами. Его основная задача — выявить производные и производящие основы и определить словообразовательные средства, при помощи которых образованы производные слова. Эта задача частично связана с членением на морфемы, но центральным понятием является основа, а не корень. Непроизводные словообразовательные основы часто оказываются членимыми, это членение является краеугольным камнем правил русской орфографии и описания морфологических особенностей слова.

Синхроническое же словообразование позволяет глубже вникнуть в строение и изменчивость лексических значений слов.

Поэтому оба типа анализа вполне обоснованы, выбор одного из них зависит от конкретных учебных и научных задач.

Слова декан, ректор, научный руководитель пишутся со строчной буквы.

Ошибок нет. Стилистически не вполне удачно сочетание нашли – находится (лучше: выяснили).