Звук [э] может находиться только в ударной позиции; попадая в безударную, он редуцируется. В школе обычно этот безударный звук называют звуком [и], хотя правильнее говорить о некотором промежуточном звуке между [и] и [э]. Его называют «и с призвуком э» и обозначают так: [и^э].

Запятая нужна. Сочетание аты-баты, задающее ритм считалке, близко к междометию. Оно, как и междометие, не является членом предложения, не связано с другими словами в предложении, имеет самостоятельное интонационное оформление. Отсутствие запятой, полагаем, ошибкой является, однако не такой ошибкой, за которую следует снижать оценку в школе. 

В школьной методике преподавания русского языка такой вывод в принципе возможен. Но он слабо отражает реальное положение дел. Правильнее было бы обойти этот вопрос в школе, чтобы потом вернуться к нему в вузе (т. е. решить его, руководствуясь более обширными знаниями о морфемных исторических чередованиях).

Прилагательное на -ский, образованное от собственного имени, пишется со строчной буквы, кроме тех случаев, когда оно стоит в начале составного названия. Вопрос в том, приводите ли Вы в предложении официальное название библиотеки или даете описательный оборот. Ср.: учиться в московской школе и учиться в Московском государственном университете. 

Очевидно, что лексическое различие этих выражений определяют два разных прилагательных. Смысловое различие между словосочетаниями могут обусловливать особенности конкретных описаний, в частности соотносящих шансы по некой параметрической шкале. На наш взгляд, строгие логические отличия подобных оборотов, взятых вне конкретного научного или обиходно-разговорного речевого случая, искать не стоит.

Род имени существительного можно определить, поставив слово в начальную форму (им. п. ед. ч.) и согласовав слово с прилагательным (столы - большой стол, мыши - большая мышь).

Для существительных, не имеющих формы единственного числа, определение рода действительно затруднено (ножницы, сани, сутки). Род таких слов в школе не определяют.

Корректно:  Государственное бюджетное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 55» Петроградского района Санкт-Петербурга. Однако в уставе название школы может быть написано по-другому. В других документах название воспроизводят в юридически закрепленной форме.

Полагаем, что в грамоте можно опустить первую часть наименования: обучающиеся в средней общеобразовательной школе № 55 Петроградского района Санкт-Петербурга. 

Строго говоря, Классная работа, Домашняя работа, Второе сентября – это заголовки. В заголовках точки не ставят. Однако в школьной практике (особенно в начальной школе) принято ставить здесь точки, чтобы не мешать закреплению у детей стереотипа: в конце предложения надо ставить точку. По-видимому, новый учитель решил, что пора учить детей писать «по-взрослому».

Это безличное предложение, состоящее из главного члена, образованного по модели сложного трехчленного сказуемого: ползти — смысловой инфинитив, было — формальная связка, неудобно — модальный компонент, выраженный словом категории состояния. Предложение неполное: опущен обязательный распространитель в Д. п. (кому?). В школе это косвенное дополнение, в университете — субъектный детерминант (или дативный субъект).

Школьные учебники так или иначе базируются на академической науке. Но, к сожалению, получение учащимися системных лингвистических знаний в современной школе не является образовательной задачей. На первое место ставится практическая грамотность. Поэтому во многих учебниках лингвистические сведения даются как "сопутствующие" тонкостям правописания. Должны согласиться, здесь есть над чем подумать и учителям, и методистам.