В первом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как сорняк = «в качестве сорняка», запятая не нужна; если как сорняк = «так же, как это делает сорняк» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна. Во втором предложении возможно только одно понимание оборота — как сравнительного и требующего обособления.
Тире в указанной позиции действительно нужно поставить, чтобы закрыть пояснительную конструкцию, внутри которой есть придаточное предложение. Кроме того, в предложении не требуется запятая между присоединительным союзом и в начале предложения и вводным словом конечно. Что касается числа сказуемого при подлежащем — относительном местоимении кто, то здесь возможны варианты, см. ответ на вопрос № 328259.
По общему правилу, обороты с союзом «как» выделяются запятыми, если в основной части предложения имеется указательное слово «такой». Правильно: в такой день, как пятница, обычно чувствуешь накопившуюся усталость; обсуждается такая сложная тема, как деньги; я не высаживаю такие цветы, как ромашки, розы и хризантемы, без предварительной подготовки земли.
См. подробнее в «Справочнике по пунктуации».
Подобные ситуации, к сожалению, не описаны в правилах. Здесь конфликтует два правила — об обособлении определения, относящегося к личному местоимению (такие определения обособляются), и о необособлении приложений с союзом как со значением тождества, приравнивания. Мы рекомендуем запятые ставить, так как определение при личном местоимении всегда приобретает дополнительное обстоятельственное значение, что является еще одним условием обособления.
В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:
Существует вещество, которое очищает воздух.
Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.
Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.
В данном случае перед нами пояснительный оборот, не сопровождающийся пояснительными союзами типа то есть, а именно. Такие обороты выделяются с помощью тире; двоеточие при них может быть поставлено только в случае, если поясняются информативно недостаточные слова главное, одно и т. п. (см. параграф 82 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).
Запятая не нужна ни перед вторым если, ни перед и: Если в организме развилась кислотная среда от употребления большого количества обработанных продуктов или большого количества сахара и если хорошие бактерии уничтожены от приёма антибиотиков, грибки, которые находятся в организме, могут начать стремительно размножаться. Между однородными придаточными предложениями, которые соединены неповторяющимся союзом и, запятая не ставится.
Обороты с союзом как не выделяются запятыми, если оборот имеет значение образа действия. Обычно такие обороты можно заменить творительным падежом существительного или наречием, ср.: порхай бабочкой. Вот аналогичные примеры из полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006): Мы наступали. Сербы сражались как львы (ср.: по-львиному); Тропинка извивалась как змея (ср.: змеей).
1. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы, то запятая перед ними ставится: В водоеме вальяжно шевелили плавниками несколько рыбешек, которые не выказали ни малейшего беспокойства, даже когда герой полез в ручей.
2. Запятая нужна.
3. Корректно: Да и вообще, остаться без лошади означало лишиться скорости и маневренности и, как следствие, проиграть во времени.
От глагола отбыть в значении 'пробыть какой-либо срок, будучи осуждённым' образуется и слово отбытие, и слово отбывание; употребление слова отбытие в приведенном Вами контексте возможно (обычно: отбытие срока наказания).
Оборот с союзом или в значении 'то есть' обособляется: если 67 уголовных дел составляют 16,8 %, правильно: 67 уголовных дел, или 16,8 %, прекращены судом...