В подобных случаях винительный падеж существительного указывает на определенный предмет, а родительный – на предмет неопределенный. Ср.: жду поезд Саратов – Москва (определенный, прибывающий в такое-то время по расписанию) – жду поезда (одного из поездов); чаще существительные конкретные при глаголе ждать и других подобных употребляются в форме винительного падежа.
Как Вы видите, рекомендации не строгие, возможны оба варианта управления.
Предпочтительно тире: компания – оператор проекта.
Обстоятельство в случае наличия необходимых сведений конкретизирует, уточняет обстоятельство в дальнейшем и нуждается в обсоблении: В дальнейшем, в случае наличия необходимых сведений, будет осуществлена подготовка проекта.
Указанная запятая не требуется.
Запятая не ставится.
Пунктуация правильная.
Кавычки использовать не нужно.
