Оба сочетания возможны, выбирать следует исходя из контекста.
В неформальной интернет- и SMS-переписке (т. е. при языковом взаимодействии, определяемом сейчас как «письменная разговорная речь») употребление такой аббревиатуры возможно. Но вряд ли она уместна в литературном языке.
Предложение нужно переформулировать.
Если слова самый лучший поясняют слово новый (именно новый этап будет самым лучшим), то запятую нужно поставить. Вариант без запятой маловероятен, но он возможен, если человек уже объявлял о самом лучшем этапе жизни, а через какое-то время говорит (с иронией или без), что у него новый самый лучший этап.
В первом случае интонационно будет выделено определение самый лучший: новый, самый лучший этап в своей жизни. Во втором — определение новый: новый самый лучший этап в своей жизни.
Можно написать: читайте в июньском номере или читайте в номере за июнь.
