Во-первых, вопрос о выделении корня может по-разному решаться при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем мы язык одной определенной эпохи или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным — и при этом во всех случаях правильным.

При синхроническом словообразовательном анализе, результаты которого отражает «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова, в слове защита выделяется корень защит-, так как в современном языке семантические связи с корнем -щит- у этого слова утрачены.

При диахроническом словообразовательном анализе в глаголе защитить и в производном от него существительном защита выделяется корень -щит- (см., например, «Этимологический словарь» М. Фасмера).

При собственно морфемном анализе в слове защита тоже выделяется корень -щит- (см . «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

Чтобы понимать, какой тип анализа представлен в том или ином словаре, перед его использованием необходимо внимательно ознакомиться с предисловием. 

Это трудный случай. С одной стороны, в главной части глагол — прототипическое контактное слово изъяснительной конструкции. Формально говоря, указательное местоимение можно опустить — и конструкция не разрушится: (1) Я сказал вслух, о чем другие боятся говорить.

С другой стороны, опустив местоимение, мы получили другое предложение, потому что изменился смысл. В (1) смысл сводится к тому, что некто сообщил, о чем (на какую тему) другие боятся говорить. А в исходном (2) Я сказал вслух то, о чем другие боятся говорить — смысл иной: некто произнес именно те слова, которые другие произнести боятся. В фокусе внимания в (2) не тема, которую боятся затрагивать, а конкретное высказывание на эту тему. (Кстати, любопытно, что этически говорящий в (1) и в (2) — разный. В (2) это смелый человек, а в (1) — чуть ли не предатель.)

Следовательно: (1) — СПП с изъяснительным придаточным; (2) — местоименно-соотносительное предложение отождествительного типа, предметной разновидности. Указательное местоимение в (2) опустить нельзя, потому что резко меняется смысл предложения. А невозможность опустить указательное местоимение — один из ключевых признаков местоименно-соотносительной конструкции, свидетельствующий о том, что именно местоимение является контактным словом.

В школе предложения типа (2) называют местоименно-определительными, но это название малоудачное, потому что на самом деле придаточное определительной функции не выполняет и вопрос какой? к придаточному выглядит странно.

Оба варианта корректны.  

Сложносокращенным называется сложное существительное, образованное без соединительной гласной, в котором усечение одной или обеих его частей осуществляется безотносительно к морфемному членению слова.

Сложносокращенное слово вуз (высшее учебное заведение) состоит из трех усеченных производящих основ: «Эти части являются сокращенными, усеченными символами целых слов и только так воспринимаются в современной языковой практике» (В. В. Лопатин, И. С. Улуханов «О некоторых принципах морфемного анализа слов (к определению понятия сложного слова в современном русском языке) // ИЗВЕСТИЯ АКАДЕМИИ НАУК СССР (отделение литературы и языка), 1963, том XXII, вып. 3). 

Эта трактовка структуры слова вуз отражена в «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова.

Источники вас не обманывают. Деепричастие не отдельная часть речи, а особая форма глагола. Переходность — неизменяемый признак глагола (как, например, и вид), и он присущ всем его формам, в том числе особым — причастиям и деепричастиям. Именно поэтому, например, переходный глагол способен управлять прямым дополнением в В. п. без предлога независимо от того, в какой форме употреблен сам глагол:

читать книгу, читаю книгу, читал бы книгу, читающий книгу, читая книгу...
 

Если принять во внимание речевую практику, то нетрудно убедиться, что сочетания с однокоренным глаголом обычно представляют собой соединения типа практиковать подходы, методы, модели. Позицию зависимого существительного занимают и конкретные наименования существующих подходов, методов и моделей: практиковать умеренность в еде / слежку / медитацию / шефство / бартер и т. п. Ясно, что речь идет о каких-либо вполне определенных практиках (получается: практиковать практику). Это подводит нас к тому, что выражение практиковать язык допустимо толковать в таком же ключе и под «языком» понимать некую модель, некий сложившийся тип или формат использования языка. Логично вставить в такой оборот уточняющее определение и щеголять фразами вроде практиковать свой английский язык в поездке за границу. Безусловно, ни о какой синонимичности оборотов практиковать язык и практиковаться в языке (то же с другими зависимыми словами) говорить не приходится. Грамматические различия существенны, и смысловые отличия несомненны.

В слове чудесный корнем является чуд-.

Дух ― это общеславянское существительное, имеющее тот же корень, что и глаголы дышать, дохнуть. Первоначально слово означало ‘дыхание’, ‘воздух’ (см. «Школьный этимологический словарь русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой). Так что душ- (алломорфы дух- /душ- /дох-) в слове душный ― это этимологический корень.

Словарь А. Н. Тихонова отражает словообразовательные связи слов в современном языке. По мнению автора, слово душный утратило семантические связи с корнем душ- /дыш-/дох-, а основа душн- стала непроизводной. В словообразовательных словарях непроизводные основы рассматриваются как нечленимые.

Словарь А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой представляет результаты собственно морфемного анализа, при котором учитывается формо- и словообразовательная структура слова, а также членение по аналогии. Суффикс -н-, с помощью которого от существительных образуются относительные прилагательные, вычленяется по аналогии, ср.: воздуш-н-ый, хлеб-н-ый, вод-н-ый, лес-н-ой, морков-н-ый и т. п.

Кроме того, вопрос об утрате семантической связи слова душный с корнем дух- /душ- /дыш-/дох- является спорным, так как современные словари дают следующее толкование этого слова: ‘со спёртым, несвежим воздухом, затрудняющим дыхание (о помещении)’, см. «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова: https://gramota.ru/poisk?query=душный&mode=slovari&dicts[]=42.

Слово комильфо — заимствованное из французского языка устойчивое выражение, которое исходно имеет значение (букв.) ‘как надо, как следует’. Практически сразу оно начало употребляться в роли прилагательного и наречия (синонимы — приличный, прилично, пристойный, пристойно и т. п.). Как многие оценочные прилагательные, оно быстро начало использоваться и как существительное, дающее оценку человеку в целом. Именно в этом значении мы встречаем его, например, в автобиографической трилогии Л. Н. Толстого, оно же зафиксировано и в словарной статье.

В приведенном вами предложении слово использовано тоже как существительное, но в значении опредмеченного качества: со всеми необходимыми в подобных случаях приличиями. Такое употребление слова комильфо нельзя признать безукоризненным, это очевидная вольность. Но ничем иным, кроме как существительным, это слово в данном предложении признано быть не может, потому что только существительное обладает способностью подчинять себе определения (всем необходимым).

Подлодка — это сложносокращенное слово. При этом способе словообразования сокращение производящих основ происходит произвольно, без соотношения с морфемным составом слова. При словообразовательном анализе компонент под- в слове подлодка представляет собой сокращение производящей основы подводн-. В данном случае начальная часть сложносокращенного слова совпадает с приставкой производящего слова, однако в производном сложносокращенном слове компонент под- не является приставкой.

Определить собственно морфемный статус этого компонента затруднительно, корректно опираться на понятие «усеченная производящая основа».