Верно: в городе Уфе.
Верно: Иван — молодой, подающий большие надежды ученый.
Ударение на первом слоге: поднятой.
Верно: с 1996 по 1999 год.
Заключать в кавычки названия оценок не нужно: значение 'оценка' у слов двойка, тройка, четверка, пятерка необычным не является, в словарях оно фиксируется, поэтому для постановки кавычек нет оснований.
Поясните вопрос, пожалуйста.
Написание будет зависеть от сферы употребления фразы. С прописных букв сочетание Его Величество пишется при официальном титуловании.
Строгой литературной норме соответствует вариант правы.
Корректно: не замерзшая еще речка.
С полными формами причастий отрицание не пишется раздельно:
а) если при них имеются зависимые слова, напр.: человек, не гнушающийся никакими средствами; не ведающий, что творит; не заботящийся о пропитании; друзья, не видевшиеся много лет; не подтверждаемая фактами версия; не признанный современниками гений; не опознанный наземными службами объект; не связанный обязательствами; не обязанный подчиняться; не растроганный её слезами; давно не стиранное платье; с весны не крашенная крыша;
б) в составе конструкций с противопоставлением или конструкций, усиливающих отрицание, напр.:
Это не законченная работа, а какие-то наброски; не знающий, а лишь догадывающийся; не воюющие, а мирно соседствующие страны; не уважаемый — любимый; отнюдь не успокоенный, нимало не смущённая, нисколько не обрадованный, никем не замеченный, никогда не унывающий, никем не любимый.
Возможны оба варианта, однако в подобных конструкциях чаще используется форма винительного падежа (не надо совершать необратимые поступки).
