Вы приводите примеры склонения существительных твердой и мягкой разновидности. Окончания у них одинаковые: не забывайте, что буква Я обозначает мягкость предыдущего согласного и звук [а], буква Ю – мягкость предыдущего согласного и звук [у]. Теперь сравниваем окончания: ок[на] – мо[р'а], ок[ну] – мо[р'у]. Окончания одни и те же.
Что касается формы винительного падежа у существительных 2-го (по школьной грамматике) склнения, то здесь дело в одушевленности/неодушевленности. У одушевленных существительных винительный падеж совпадает с родительным (вижу деда, вижу коня), у неодушевленных – с именительным (вижу стол, вижу пень).
Лучше: поступление товара.
Верно: в Самаре.
Корректно: подлежат выдаче 26 наименований товара.
Корректно: из наших пятидесяти одного товара.
В современном русском языке правильно только татары.
Верно: цена товара 4000 (четыре тысячи) рублей.
Фамилия Тараба склоняется. Правильно: Тарабе Илье Анатольевичу.