В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Да, тире здесь помогает логически выделить названия пищевых добавок. Можно рекомендовать, кроме того, отделить названия каждого из компонентов точкой с запятой (чтобы, например, показать, что экстракт плодов витекса священного не поясняет термин кальциевая соль стеариновой кислоты, а представляет собой отдельный компонент): Состав: агенты антислеживающие ‒ магния стеарат и кремния диоксид аморфный; экстракт зеленого чая; носитель ‒ микрокристаллическая целлюлоза; агент антислеживающий ‒ кальциевая соль стеариновой кислоты; экстракт плодов витекса священного; эмульгатор ‒ полиоксиэтилен (20) сорбитан моноолеат (твин 80); антиокислитель ‒ альфа-токоферол.

По основному правилу здесь нужно двоеточие, так как во второй части бессоюзного сложного предложения излагается содержание речи Макса. Однако в этом коротком предложении, явно имеющем непринужденно-разговорную окраску, часть Макс говорит произносится в убыстренном темпе и не несет в себе оттенка предупреждения (нет логического ударения на глаголе говорит). Соответственно, здесь можно поставить запятую: Макс говорит, видел её вчера на вокзале. Поскольку вторая часть представляет собой неполное предложение (в нем пропущено подлежащее), можно поставить и тире: Макс говорит — видел её вчера на вокзале. См. о таких случаях «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, примечание к параграфу 44.3. 

Рекомендуем название города склонять, подобно тому как склоняются другие топонимы, представляющие собой имена существительные мужского рода с конечным согласным звуком. О склонении географических названий можно прочитать в «Письмовнике».

Представляется корректным оформить слово зачем-то, представляющее собой дополнительное замечание, как вставку с тире: ...а админ – зачем-то – с нами. 

Если вторая часть бессоюзного сложного предложения представляет собой вопрос, необходимо двоеточие: Сейчас каждый спрашивает: какова будет его судьба и судьба России? Если оформить предложение как сложноподчинённое (с точкой), нужна запятая: Сейчас каждый спрашивает, какова будет его судьба и судьба России.

Корректно поставить точку. Это сложноподчинённое предложение с придаточным изъяснительным (средство связи — союз-частица ли), его главная часть (Уточните, пожалуйста) не представляет собой вопросительное предложение. 

Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).

Здесь называется — сказуемое. Сочетание сходил за хлебом, представляющее собой неполное предложение, выступает в несвойственной ему роли при сказуемом, поэтому его нужно заключить в кавычки: Это называется «сходил за хлебом».

В приведенных репликах слова «почти» и «какая-то» представляют собой цитаты из реплик собеседника, поэтому их действительно нужно заключить в кавычки.