Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Запятая ставится только при интонационно-смысловом разделении (тогда можно поставить слова "а именно").
Корректно: После того как Саиду исполнилось 18 лет, он стал пациентом отделения микрохирургии областной клинической больницы и перенес еще три операции.
Все три варианта верны. Выбор каждого из них определяется смысловой задачей автора, стилистическими особенностями конкретного текста и условиями общения.
Нет, сочетание нужно заменить. Корректно: два варианта, выбор из двух вариантов и т. д.
Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло.
Правильно: когда у тебя тяжело на душе.
Пунктуация верна.
