Шумные звонкие согласные на конце слов, согласно орфоэпическим нормам русского языка, оглушаются вне зависимости от происхожения слова (см., например, Н. Ю. Шведова (гл. ред.). Русская грамматика. Т. 1. М., 1980; Р. И. Аванесов. Русское литературное произношение. М., 1984). Иностранное название можно произнести с сохранением его исходного фонетического облика, если этого требует ситуация, но такое произнесение будет находиться за рамками фонетической системы русского языка.

Ударение отмечено верно. 

Правил нет: ударение в русском языке разноместное (может падать на любой слог) и подвижное (в формах одного слова может перемещаться с основы на окончание). Кроме того, слова с подвижным и неподвижным ударением могут быть внешне очень похожи, по облику исходной формы далеко не всегда можно угадать, каково должно быть расположение ударения в других формах. Поэтому определить ударный слог можно только в словарном порядке (воспользовавшись словарем).

Род аббревиатур определяется неоднозначно. Основное правило: род определяется по стержневому слову: например, СНГ  –  среднего рода (содружество), ООН – женского рода (организация). Поэтому можно рекомендовать употреблять аббревиатуру РЭК (особенно в письменной речи) как существительное женского рода (по стержневому слову комиссия).

Однако заметим, что некоторые аббревиатуры, часто употребляемые и похожие по своему внешнему фонетическому облику на «обычные» слова, приобретают родовую форму мужского рода, например: МИД (хотя министерство), ВАК (хотя комиссия) и др.

Затрудняемся назвать первоисточник. Факт, что эти слова - не из литературного языка.

Словари современного русского литературного языка по-прежнему фиксируют Алма-Ата. Вариант Алматы употребляется в Казахстане. Ситуация аналогична распределению вариантов Таллин – Таллинн: в русском языке сохраняется первый вариант, но в эстонских СМИ, выходящих на русском языке, используется написание Таллинн. Обычно в стремлении сохранить в русском языке традиционные варианты Алма-Ата, Таллин и др. многие хотят увидеть политический подтекст, но его нет. Просто орфография всегда очень консервативна, и в облике многих слов (далеко не только имен собственных) сохраняются следы давно ушедших эпох.

Да, в церковно-религиозных и религиозно-философских текстах местоимения, заменяющие слова Бог, Божий, пишутся с прописной буквы. Также с прописной буквы не в начале предложения местоимения могут быть написаны в тех контекстах, где им придается особый высокий смысл (например, написание Ты, Твой с прописной у А. А. Блока при обращении к Прекрасной Даме как к неземной женщине, к божеству: Предчувствую Тебя. Года проходят мимо — // Всё в облике одном предчувствую Тебя. // Весь горизонт в огне — и ясен нестерпимо, // И молча жду,— тоскуя и любя).

Нужны обе запятые.