Запятая нужна. Она ставится между главным и придаточным предложением в составе сложноподчиненного. При этом в главной части предложение неполное (подразумевается: с того момента). В справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» предложениям такого типа посвящен отдельный пункт, ср. примеры из справочника: Вот уже два года, как мы женаты. Уже месяц, как он вернулся с юга. Уже три недели, как мы здесь.

Действительно, сочетание в День России является пояснением по отношению к сочетанию 12 июня. Именно поэтому его нужно выделить запятыми, как указано в справочниках, например в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Надзиратель положил пакет на стол со словами "Знаю, что там написано", а сопровождавший меня жандарм сделал под козырек и, кивнув мне головой "До доброго свидания!", вышел из прихожей.

Нет необходимости в постановке двоеточия в данном случае.

Усилительная частица ну не обособляется.

Очевидно, что графика маршрутов общественного транспорта находится в прямом ведении городских служб, занимающихся организацией пассажирских перевозок. Настоятельно рекомендуем принять это во внимание и на табло воспроизвести записи номеров маршрутов (и даже иных важных для пассажиров сведений) в том виде, в каком это делают транспортные службы.

В сочетании остальные указанные вами сервисы запятые не нужны. Причастный оборот указанные вами находится перед определяемым словом сервисы и не обособляется. Определение остальные относится к сочетанию причастного оборота и существительного (указанные вами сервисы) и не отделяется от него запятой. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 Справочника Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Да, деепричастный оборот здесь употреблен правильно. 

Употребление деепричастного оборота, не выражающего действия подлежащего, возможно в безличном предложении при инфинитиве, например: Приходилось работать в трудных условиях, не имея в течение многих недель ни одного свободного дня для отдыха. Если же в безличном предложении нет инфинитива, к которому мог бы относиться деепричастный оборот, то употребление последнего стилистически неоправданно, например: *Уезжая из родного города, мне стало грустно; *Прочитав вторично рукопись, редактору показалось, что она нуждается в серьезной доработке.

Вы следует писать с большой буквы, если это личное письмо и автор хочет подчеркнуть уважительное обращение: Иван Сергеевич, милый друг, зачем мы с Вами ели эти подозрительные грибы? Если это фрагмент из художественного текста, необходима строчная буква.