По общему правилу инициальные аббревиатуры пишутся прописными: ВАК, ПТУРС. Исключения единичны, в их числе как раз слово вуз, а также дот, дзот; возможно написание строчными аббревиатуры загс (при наличии и варианта ЗАГС). Написание таких аббревиатур строчными связано с многолетней традицией их употребления.

1. Написание без дефиса - словарная фиксация (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова. Прописная или строчная? М., 2011). Хотя общее правило говорит о том, что дефис нужен.

2. В этих названиях икон с прописной буквы пишутся только слова Господь Вседержитель, Святая Троица, Святой Антипа.

Вы правы, это не аббревиатура, т. е. не сложносокращенное слово. Более того, как первая часть сложных слов изо- пишется строчными в сложных словах, таких как изостудия. Это усеченное слово, которое пишется строчными буквами (ср.: рация - радиостанция, кино - кинематограф, фото - фотография и т. д.). 

Вторая (первая) часть Мерлезонского балета (ирон.) – о чем-либо долгом, утомительном.

«Мерлезонский балет» – название одной из глав романа Александра Дюма «Три мушкетера». Это любимый балет короля; как раз его и ставят в ратуше, когда подвески доставляются королеве. Это выражение особую популярность получило после выхода на экраны советского фильма «Д'Артаньян и три мушкетера».

С исторической точки зрения в греческом по происхождению слове протагонист можно выделить часть прот- (греч. πρῶτος «первый») и часть агон(ист) (греч. ἀγωνίζομαι «состязаюсь», ἀγωνιστής «борец») — этот же корень можно увидеть в словах агония, агон (состязание). 

Корректны оба варианта, однако прилагательное звонарный гораздо более употребительно.   

И, может быть, именно сейчас, в это самое мгновение, сидит где-нибудь человек и читает книгу о звонарном деле? [Михаил Шишкин. Письмовник (2009) // «Знамя», 2010]; Колокол св. Пантелеймона весит восемьсот восемнадцать пудов, это величайший колокол православного Востока. Затем — звонарное искусство [Б. К. Зайцев. Афон (1928)].

Оснований для постановки тире нет. Требуются запятые перед если, между названиями доменов, а также пробел и точка в и т. д.: Еще раз обращаем Ваше внимание на то, что корневые зоны (TLD — Top-Level Domains) находятся под управлением американских компаний, поэтому, если Вы владелец домена .com, .net, .org, .biz и т. д., Вам стоит сменить регистрационные данные на отличные от крымских.

Аббревиатур, которые пишутся строчными, немного, в их числе: вуз, дот, дзот, возможно написание строчными аббревиатуры загс (при наличии и варианта ЗАГС). Написание таких аббревиатур строчными связано с многолетней традицией их употребления. Аббревиатура ЧОП относительно недавняя, словари фиксируют ее написание прописными (см., напр., «Русский орфографический словарь» РАН). Не исключено, что со временем (если эта аббревиатура будет и дальше активно употребляться) станет нормативным и написание чоп.