Фонема — это абстрактная единица языка, представленная в речи множеством чередующихся звуков. Например, фонетисты различают звуки, которые передаются буквой р в формах цифра, цифру, цифр. Каждый из этих чуть различающихся звуков — конкретная реализация в речи фонемы <р>.

Если элементы перечислительного ряда расположены в строку, после каждого из них ставится запятая — согласно правилу об однородных членах предложения. Если каждый элемент начинается с новой строки, после каждого из них ставится точка с запятой — согласно правилам оформления перечней.

Различают два случая постановки запятой перед тире: 1) в периодах запятая и тире ставятся как единый знак; 2) в сложных предложениях запятая и тире ставятся как два самостоятельных знака, каждый на своем основании. Подробности и примеры можно найти в любом справочнике по правописанию.

Каждый последующий элемент адреса пространственно ограничивает предыдущий и уже тем самым является его уточнением, ведь уточнение — это сужение понятия. В справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя, в параграфе 22.1, особо упомянуто, что «указания в адресах» относятся к уточняющим обстоятельствам.

Правило выбора падежа просто: прямое дополнение ставится в форму винительного падежа при отсутствии отрицания (...что делает каждый), а в случае, если при глаголе, управляющем прямым дополнением, имеется отрицание, винительный падеж заменяется родительным. Именно так и сделано в предложении, которое фигурирует в вопросе.

У этих фраз разный смысл. Фраза дайте Х билетов означает, что Вы хотите приобрести Х билетов, при этом неясно, о билетах на какое количество поездок идет речь (возможно, Вы хотите приобрести Х билетов на 1 поездку, а может быть, Х билетов на  10 поездок каждый).

Запятые расставлены верно, а вот после цифр, с помощью которых нумеруются части перечня, нужно поставить не скобку, а точку, поскольку каждый пункт начинается с прописной буквы и оканчивается точкой:

Что делаем сегодня?
1. Подумаем, зачем мы вообще сегодня здесь собрались.
2. Узнаем, что такое референс-менеджеры...

Вопрос был, является ли сочетание плеоназмом. Да, оно является плеоназмом. Однако из этого не следует, что такое сочетание запрещено употреблять медикам (видимо, в таком понимании ответа причина возможной угрозы). Не каждый плеоназм является ошибкой. Есть плеоназмы, которые закрепились в качестве терминов. Приведенные Вами обороты тому пример.