Лаконичное выражение до конца года может получить двоякое толкование, о чем и свидетельствует Ваш вопрос. Избежать смысловой неопределенности можно только одним способом: дополнить выражение теми словами, какие точно выразят нужную мысль.
Сочетание нулевые годы можно писать без кавычек, употребление его устоялось.
Обе части склоняются, согласуясь друг с другом: три года (где?) в колонии-поселении, но три года (чего?) колонии-поселения.
Да, это правильная форма: двухтысячный год – к двухтысячному году.
Наращение не используется: открываемся в 2017 году. Но (без слова год): открываемся в 2017-м.
Орфографический словарь В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» фиксирует такое написание названия праздника Нового года в иудаизме: Рош-Хашан.
Возможны оба варианта. Но более употребительно: прошли годы.
Правильно: в каждом году.
