В приведенных Вами контекстах предпочтительно: К проекту закона поступили семь поправок, замечаний и предложений, из которых шесть приняты, одно замечание учтено; К проекту закона поступило четыре замечания, они приняты; Поступило более 4 тысяч обращений, из них более 2 тысяч — это мартовские обращения.

Приведем словарную статью для слова алфавит из школьного этимологического словаря «Почему не иначе?» Л. В. Успенского.

Алфави́т. Помните, что мы говорили о нашем слове «азбука»? Оно — точная копия греческого «alfabetos»: оба слова построены совершенно одинаково.

Две первые буквы греческого письма звались «альфа» и «бета». Их история не простая; они были получены греками от финикийцев вместе со всей финикийской, семитической, письменностью. Письменность эта была некогда иероглифической. Каждый иероглиф назывался словом, начинавшимся со звука, который обозначался этим значком.

Первый в их ряду имел очертания головы быка; «бык» — по-финикийски «алеф». Вторым стоял рисунок дома; слово «дом» звучало как «бет». Постепенно эти значки стали означать звуки «а» и «б».

Значения финикийских слов греки не знали, но названия значков-букв они сохранили, чуть переделав их на свой лад: «альфа» и «бета». Их сочетание «альфабе́тос» превратилось в слово, означавшее: «обычный порядок букв», «азбука». Из него получилось и наше «алфавит». Впрочем, в Греции было такое время, когда слово «альфабетос» могло звучать и как «альфавитос»: в разные времена жизни греков они один и тот же звук произносили то как «б» то как «в».

Правильно: отправить письмо ИП (индивидуальному предпринимателю) Иванову И. И.

Предпочтительно: требует их перерегистрации и внесения изменений.

Пишутся через дефис сложные слова с первой частью – буквенной или звуковой аббревиатурой. Верно: ИК-спектров, ИК-лазер. Однако если аббревиатура ИК относится не к слову, а  к словосочетанию, дефис не ставится: ИК имульсные лазеры.

Запятая перед как нужна.

Названия переулков склоняются следующим образом: Плотников (Полуэктов) переулок, Плотникова (Полуэктова) переулка, Плотникову (Полуэктову) переулку, Плотниковым (Полуэктовым) переулком, в Плотниковом (Полуэктовом) переулке.

Противоречия нет. Действительно, названия, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, при употреблении без родового слова можно склонять (живу в Строгине) и не склонять (живу в Строгино). Но склоняемый и несклоняемый варианты не равноправны. Первый соответствует строгой литературной норме и рекомендуется, например, для речи дикторов. Второй носит характер допустимого (т. е. не ошибка, но и не образцовое употребление).

Что касается именно названия Пушкино, то здесь есть еще один довод в пользу несклонения: если склонять, то в косвенных падежах потеряется различие между Пушкин и Пушкино. Этим может быть вызвано желание оставить название в исходной форме. Идеально здесь – сказать или написать в городе Пушкино.