Поскольку местоимение который заменяет собой неодушевленное  существительное цветок, верно: ...о трёх цветках, которые он увидел на склонах Урала. Но (с одушевленным существительным): ...о трёх птицах, которых он увидел на склонах Урала.

Нужны обе запятые.

Согласно правилам русского языка, обстоятельства, выраженные деепричастием (в данном случае играя), обособляются запятыми. Запятая ставится и в том случае, если перед тире заканчивается обособленный оборот (причастный, деепричастный и др.) или придаточное предложение. Таким образом, верный вариант: Изучать достопримечательности города, играя, — увлекательное занятие.

Запятая не нужна, но будет уместно тире: Поругались бы с таким видом? Мы — да.

Необходимости употреблять кавычки нет, но их можно поставить, если есть желание подчеркнуть особенное новое словосочетание.

Подобное употребление не нарушает норм литературного языка, поскольку формы единственного числа могут выступать как обозначение вещества (точнее, вещественное значение, являющееся одним из значений данного слова, проявляется у формы ед. числа в определенных контекстах): варенье из сливы; трубка из черешни; дом из кирпича; резьба по камню, по дереву, по металлу; пирог с рыбой.

Корректно: На вопрос, какие жизненные ценности главные в жизни человека, многие отвечают: доброта, милосердие.

Точка в конце предложения нужна: Рассматривается вопрос № 1 «О проекте закона...».

Верно: Выделение денежных средств на ремонт дорог, в то время как жители годами ждут ремонта своих домов.

В этих случаях сочетание начиная с потеряло глагольное значение и перешло в разряд предлогов, а потому обороты с ним не обособляются: Получаете призы начиная с пятой чашки кофе; Используете начиная с натуральной базы 3. Сравним: Начиная с пятой чашки кофе свой день, я готовился к худшему (слово начиная сохраняет глагольное значение и является деепричастием).

Если подразумеваются лица только женского пола, использования собирательных числительных лучше избегать.