Да, названия железнодорожных станций, вокзалов пишутся без кавычек. Названия станций метро, остановок наземного городского транспорта заключаются в кавычки (в текстах, но не на картах и схемах и не на самих станциях и остановках).

При соблюдении рекомендуемой последовательности постановки знаков никаких ограничений по их числу нет. Так, в принципе возможны и кавычки третьего уровня вложенности, хотя очевидно, что нагромождение знаков не вызовет положительных эмоций у читателей текста.

Название, заключаемое в кавычки и не сочетающееся синтаксически с родовым словом, не склоняется. Правильно: генеральному директору ОАО «Верхнебаканский завод». Вот если бы родового слова не было, название склонялось бы: генеральному директору Верхнебаканского завода.

Название института предпочтительно заключить в кавычки и не склонять: Учреждение Российской академии наук «Институт физики твердого тела», Учреждению Российской академии наук «Институт физики твердого тела», Учреждением Российской академии наук «Институт физики твердого тела».

Судя по данным Национального корпуса русского языка, слово используется, хотя и очень редко: в газетном корпусе встретилось всего три примера, причем в одном из них слово взято в кавычки — видимо, как необычное.

В письменном тексте слово цитата избыточно. На цитату указывают кавычки. Если необходимо записать дословно устную речь, то слово цитата можно оформить как вставку, обособив его знаками тире: Сидоров оскорбил меня, назвав – цитата – «отсталым человеком».

Вы правы: один из критериев при употреблении кавычек – «обычность/необычность», или, другими словами, «привычность/непривычность». Словосочетание эмоциональный всплеск уже прижилось в речи, поэтому кавычки для него не нужны. Подробнее об этом см. в «Письмовнике».

Да, заключаются в кавычки названия литературных произведений и периодических изданий, представляющие собой словосочетания с родовым наименованием: «Роман без вранья», «Повесть о настоящем человеке»,  «Оптимистическая трагедия»; «Литературная газета», «Русский журнал». Правильно: направляется в «Акустический журнал».

Правильный вариант: Представляем генерального спонсора забега «Ласковый май» — девелоперскую компанию «Люди». Обратите внимание, что условное наименование мероприятия (забега) заключается в кавычки, а сочетание девелоперская компания пишется со строчной буквы.

Здесь цитата представляет собой часть предложения, сопровождаемую вводным словом цитирую, и оформляется не как прямая речь; при этом кавычки используются как знак чужого слова: Его агент говорит, что он, цитирую, «берет перерыв».