Запятая не ставится: это цельное по смыслу выражение.
Верно: врио.
Счет-фактура – существительное мужского рода: входящий счет-фактура.
Правильно: континентальная Греция.
Запятые не нужны. Слитное или раздельное написание не с наречием сложно (а это наречие на -о) остаётся на усмотрение пишущего: если он хочет подчеркнуть отрицание признака (например, он возражает кому-то, кто считает, что это сложно), то не пишется раздельно, если он хочет выразить утверждение (несложно = 'просто') — слитно.
Запятая не нужна, поскольку оборот с как тесно связан со сказуемым.
Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.
В обоих случаях фамилия должна склоняться. Правило см. в «Письмовнике» (пункт 13.1.11).
Тире возможно. Подробнее о постановке тире в подобных предложениях — в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), см. § 18.
Да, в этих случаях запятые нужны.
